-----Messaggio originale-----

Da: anonymous NFS user [mailto:nobody@genes.mit.edu]

Inviato: marted́ 18 marzo 2003 12:53

A: iacono@mailserver.unimi.it

Oggetto: GenomeScan output for sequence 06:52:32

 

 

GenomeScan 1.0    Date run: 18-Mar-2003   Time: 06:52:46

 

Sequence seq : 80508 bp : 42.66% C+G : Isochore 1 ( 0 - 43 C+G%)

 

Options:    GenoaOnly   BothStrands

 

Parameter matrix: HumanIso.smat

 

Predicted genes/exons:

 

Gn.Ex Type S .Begin ...End .Len Fr Ph I/Ac Do/T CodRg P.... Tscr..

----- ---- - ------ ------ ---- -- -- ---- ---- ----- ----- ------

 

 1.15 PlyA -     15     10    6                               1.05

 1.14 Term -   1050    907  144  0  0   59   33   214 0.000  57.25

 1.13 Intr -   1374   1240  135  0  0   98  110    37 0.000  28.42

 1.12 Intr -   1646   1515  132  2  0   20  111   195 0.000  36.52

 1.11 Intr -   4030   3832  199  0  1  118    7    29 0.000  17.75

 1.10 Intr -   7367   7191  177  1  0  130   64   110 0.000  31.07

 1.09 Intr -   8185   8101   85  2  1   70  101    76 0.000  29.46

 1.08 Intr -  16201  16084  118  1  1   69  115   110 0.000  29.81

 1.07 Intr -  16672  16545  128  2  2   39   68    89 0.000  23.75

 1.06 Intr -  16808  16781   28  2  1  113   80    37 0.000   2.17

 1.05 Intr -  20682  20529  154  2  1   82   75    78 0.000  28.11

 1.04 Intr -  25316  25159  158  2  2   90   61   142 0.000  30.96

 1.03 Intr -  25728  25626  103  2  1   63   78    99 0.000  26.46

 1.02 Intr -  28455  28343  113  0  2   87   90    74 0.000  26.16

 1.01 Init -  35114  34908  207  2  0   64   68   261 0.000  59.98

 1.00 Prom -  37693  37654   40                              -4.75

 

 

Genoa hits used in predictions: 21 nonredundant hits

 

Hit2.1_Hit3.1.i Noname|GENSCAN_predicted_peptide_1|626_aa-  424  425

7160   4059 4 BLASTX   1e-36

Hit6.1_Hit7.1.i Noname|GENSCAN_predicted_peptide_1|626_aa-  580  579

1207   1083 3 BLASTX   2e-27

Hit8.1_Hit2.1.i Noname|GENSCAN_predicted_peptide_1|626_aa-  490  491

3802   1676 3 BLASTX   5e-27

Hit10.1_Hit1.1.i Noname|GENSCAN_predicted_peptide_1|626_aa-   70   73

34875  28476 5 BLASTX   6e-21

Hit11.1_Hit10.1.i Noname|GENSCAN_predicted_peptide_1|626_aa-  107  108

28312  25757 3 BLASTX   2.06e-19

Hit9.1_Hit12.1.i Noname|GENSCAN_predicted_peptide_1|626_aa-  297  298

16515  16231 5 BLASTX   5e-16

Hit3.1_Hit13.1.i Noname|GENSCAN_predicted_peptide_1|626_aa-  365  366

8070   7396 5 BLASTX   5e-14

Hit13.1_Hit9.1.i Noname|GENSCAN_predicted_peptide_1|626_aa-  337  337

16052   8216 4 BLASTX   5e-14

Hit1.1    Noname|GENSCAN_predicted_peptide_1|626_aa-    1   70  35114

34905 5 BLASTX   4e-45

Hit2.1    Noname|GENSCAN_predicted_peptide_1|626_aa-  425  490   4029

3832 3 BLASTX   2e-41

Hit3.1    Noname|GENSCAN_predicted_peptide_1|626_aa-  366  424   7366

7190 4 BLASTX   1e-36

Hit4.1    Noname|GENSCAN_predicted_peptide_1|626_aa-  142  193  25316

25161 5 BLASTX   2e-35

Hit5.1    Noname|GENSCAN_predicted_peptide_1|626_aa-  184  245  20714

20529 5 BLASTX   8e-32

Hit6.1    Noname|GENSCAN_predicted_peptide_1|626_aa-  579  626   1053

910 3 BLASTX   1e-27

Hit7.1    Noname|GENSCAN_predicted_peptide_1|626_aa-  517  580   1428

1237 3 BLASTX   1e-27

Hit8.1    Noname|GENSCAN_predicted_peptide_1|626_aa-  491  535   1646

1512 5 BLASTX   5e-27

Hit9.1    Noname|GENSCAN_predicted_peptide_1|626_aa-  298  337  16201

16082 4 BLASTX   2e-24

Hit10.1   Noname|GENSCAN_predicted_peptide_1|626_aa-   73  107  28446

28342 3 BLASTX   6e-21

Hit11.1   Noname|GENSCAN_predicted_peptide_1|626_aa-  108  152  25727

25593 5 BLASTX   2e-19

Hit12.1   Noname|GENSCAN_predicted_peptide_1|626_aa-  269  297  16631

16545 5 BLASTX   5e-16

Hit13.1   Noname|GENSCAN_predicted_peptide_1|626_aa-  337  365   8186

8100 5 BLASTX   5e-14

 

 

Predicted peptide sequence(s):

 

 

>seq|GenomeScan_predicted_peptide_1|626_aa:Noname|GENSCAN_predicted_pept

>seq|ide_1|626_aa-:1..70:E=4e-45

MEHIQGAWKTISNGFGFKDAVFDGSSCISPTIVQQFGYQRRASDDGKLTDPSKTSNTIRV

FLPNKQRTVVNVRNGMSLHDCLMKALKVRGLQPECCAVFRLLHEHKGKKARLDWNTDAAS

LIGEELQVDFLDHVPLTTHNFARKTFLKLAFCDICQKFLLNGFRCQTCGYKFHEHCSTKV

PTMCVDWSNIRQLFSQHRYSTPHAFTFNTSSPSSEGSLSQRQRSTSTPNVHMVSTTLPVD

SRMIEDAIRSHSESASPSALSSSPNNLSPTGWSQPKTPVPAQRERAPVSGTQEKNKIRPR

GQRDSSYYWEIEASEVMLSTRIGSGSFGTVYKGKWHGDVAVKILKVVDPTPEQFQAFRNE

VAVLRKTRHVNILLFMGYMTKDNLAIVTQWCEGSSLYKHLHVQETKFQMFQLIDIARQTA

QGMDYLHAKNIIHRDMKSNSILWLLSSFDCSVLNLGKQKGGFLSQVALGARGYLFKERGR

GQENRKVRKLAPEVIRMQDNNPFSFQSDVYSYGIVLYELMTGELPYSHINNRDQIIFMVG

RGYASPDLSKLYKNCPKAMKRLVADCVKKVKEERPLFPQILSSIELLQHSLPKINRSASE

PSLHRAAHTEDINACTLTTSPRLPVF