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 Biologia Molecolare
 i punti fondamentali dello splicing dell'RNA
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MariaR
Nuovo Arrivato


Prov.: BN
Città: Benevento


50 Messaggi

Inserito il - 09 ottobre 2008 : 14:08:50  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di MariaR Invia a MariaR un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao a tutti, sono nuova di questo sito...
ho un problema...di avere un libro che è chiarissimo ma che mette le cose sparpagliate o meglio esprime il dettaglio senza però fare una scaletta chiara del processo.

potere farmi una scaletta con il processo fondamentale dello splicing dell'RNA
grazie a tutti

Patrizio
Moderatore

mago

Città: Barcellona


1912 Messaggi

Inserito il - 09 ottobre 2008 : 21:02:50  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Patrizio  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di Patrizio Invia a Patrizio un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
be', non e' che ci sia un processo fondamentale...le interazioni che ha il trascritto con le diverse proteine "e non sono poche"sono tutte importanti,scrivi qual'e' la parte che non hai capito bene


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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 09 ottobre 2008 : 21:08:08  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Cerca bene su Internet, vi sono molte risorse e molte cose spiegate bene... In questo stesso forum si é discusso spesso di splicing, forse negli archivi troverai qualcosa (mi dispiace ma adesso sono troppo stanco per scrivere cose lunghe).

Che te ne pare di questa immagine (devi guardare il secondo disegno!!):


?

- http://images.google.com/images?ie=UTF-8&oe=UTF-8&sourceid=navclient&gfns=1&q=splicing%20mechanism&um=1&sa=N&tab=wi
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?call=bv.View..ShowSection&rid=cell.figgrp.1709
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=book&term=alternative%20splicing

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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tittideby
Nuovo Arrivato



65 Messaggi

Inserito il - 09 ottobre 2008 : 21:54:04  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di tittideby Invia a tittideby un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao Maria..
La reazione di splicing avviene avviene tramite 2 reazioni di transesterificazione in cui si rompono i legami fosfodiesterici e se ne formano di nuovi.Le due reazioni portano l'introne ad essere escisso in una forma a cappio detta Lariat e gli esoni fiancheggianti vengono uniti.Lo splicing è effettuato tramite un complesso molto grande detto Spliceosoma che esegue ASSEMBLAGGIO,RIARRANGIAMENTI E CATALASI......il discorso è molto lungo ...ti interessa qualche tipo particolare di splicing???ce ne sono tanti e cmq i disegni riportati Dallolio sono ottimi....buono studio
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VeryVero
Nuovo Arrivato

Prov.: Ct
Città: Catania


23 Messaggi

Inserito il - 11 ottobre 2008 : 10:11:56  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di VeryVero Invia a VeryVero un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao!!!
so abbastanza dell'argomento...lo sto studiando anch'io...
lo splicing standard avviene mediante due reazioni di transeterificazione con lo scopo di eliminare la sequenza intronica tra due esoni che devono essere uniti.
L'introne è caratterizzato dalle seguenti proprietà:
sito di splicing al 5' - seq. GUA/GAGU
punto di ramificazione - dove sporge un' adenina
tratto polipirimidinico
sito di splicing al 3' - seq. AG
Durante la prima reazione di transesterificazione il 2'OH dell'adenina del punto di ramificazione attacca per reazione SN2 il gruppo fosfato della prima G sul sito di splicing al 5'. Si ha rottura del legame fosfodiesterico nella giunzione esone - introne con l'estremità 5' dell'introne che si attacca al punto di ramificazioe.
Con la seconda reazione di transesterificazione l'esone 5' rilasciato attacca il gruppo fosfato terminale al sito di splicing 3'. Come conseguenza si ha la unione dei due esoni e il rilascio dell'introne sottoforma di cappio.
Le due reazioni sono catalizzate dal macchinario dello spliceosoma. Non è richiesta ATP per le 2 reazioni, bensì ne è richiesta per l'assemblaggio delle componenti dello spliceosoma.
I passaggi di assemblaggio dello spliceosoma sono:
1. si lega snRNP1 al sito di splicing 5', il complesso delle due subunità U2AF sul sito polipirimidinico e sul sito di splicing al 3'. Viene reclutata la BBP che si porta sul punto di ramificazione (complesso E)
2. si avvicina snRNP2 che spiazza BBP e che espone la A del punto di ramificazione
3. Entra il complesso formato dalle snRNPU6, U4 e U5 che allontanano U2AF e che avvicina il sito di splicing 5' al punto di ramificazione
4. viene allontanata U1 e sostituia da U6
5. Viene allontanata U4 e viene fatta avvenire la prima reazione
6. la snRNPU5 fa avvicinare i due esoni e l'introne viene allontanato.


Spero di esserti stata di aiuto... ciao
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Patrizio
Moderatore

mago

Città: Barcellona


1912 Messaggi

Inserito il - 13 ottobre 2008 : 15:08:09  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Patrizio  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di Patrizio Invia a Patrizio un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
VeryVero,bella la tua spiegazione,ma non capisco perche' quando parliamo di splicing ci viene solo in mente quello dei pre-mRNA nucleari


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VeryVero
Nuovo Arrivato

Prov.: Ct
Città: Catania


23 Messaggi

Inserito il - 14 ottobre 2008 : 14:02:08  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di VeryVero Invia a VeryVero un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Vabbè, ma io ho descritto solo quello standard... Se gli interessa anche lo splicing alternativo nn c'è da chiedere...
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MariaR
Nuovo Arrivato


Prov.: BN
Città: Benevento


50 Messaggi

Inserito il - 14 ottobre 2008 : 15:59:54  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di MariaR Invia a MariaR un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
grazie a tutti davvero...cmq con uno studio approfondito grazie anche agli appunti del prof sono riuscita a capire bene l'ordine.
anche della formazione del complesso spiceosoma
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anto.s
Nuovo Arrivato



3 Messaggi

Inserito il - 28 febbraio 2013 : 16:40:01  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di anto.s Invia a anto.s un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Scusate, ma la REAZIONE DI TRANSESTERIFICAZIONE permessa dall "attacco idrossilico" come lo chiama il mio libro (Genomi 3), perchè non è un semplice legame estere come quello tra il C 5' e il P in un semplice nucleotide? o meglio qual'è la differenza tra i due legami? Grazie mille
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