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fedes
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 Inserito il - 13 luglio 2009 : 22:01:16
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Ciao, sto cercando dei programmi per la predizione della struttura di una proteina usando il metodo dell'homology modeling.
Potreste suggerirmi qualche programma?
ne ho trovato uno basato su HOMER, oltre a quello di SWISS-MODEL.
Grazie
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
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fedes
Nuovo Arrivato
2 Messaggi |
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gabrieleMa
Nuovo Arrivato
1 Messaggi |
Inserito il - 31 luglio 2009 : 18:09:10
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Provo a risponderti, puoi usare SwissModel al sito www.expasy.org nella sezione Tertiary Structure Tools, sottomettere la sequenza in formato FASTA. Puoi iniziare a lavorare nella maniera più semplice ma altrettanto efficace, first approach mode, il server troverà il migliore template in base ad omologia di sequenza e qualità della struttura terziaria risolta. Ti restituirà un file .pdb che potrai analizzare per qualità usando programmi di verifica basati su caratteristiche complementari (Ramachandran plot, ecc...), un buon set di software di verifica sono
Protein Structure Quality Score (PSQS)http://www1.jcsg.org/psqs
ERRAT, Verify3D, e ProCheck http://nihserver.mbi.ucla.edu/SAVS/
Se il tuo modello soddisfa i requisiti, puopi iniziare a lavorarci su con spdb viewer o Pymol o Chimera o NOC (quest'ultimo è l'unico free software che conosco a calcolare il valore di Accessible Surface Area).
Spero di essere stato utile |
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