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doraemon
Nuovo Arrivato

dorothy


37 Messaggi

Inserito il - 03 settembre 2009 : 18:16:01  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di doraemon Invia a doraemon un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
nn riesco a capire una cosa..probabilmente mi manca qualche informazione
se per sequenziare un genoma è comodo frammentarlo e inserire i frammenti in appositi vettori, perchè se io parto direttamente da un frammento lo devo inserire in un vettore di clonaggio per sequenziarlo??
spero che qualcuno mi illumini
grazie grazie

Neuroscience
Utente



659 Messaggi

Inserito il - 03 settembre 2009 : 18:45:11  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Neuroscience Invia a Neuroscience un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
bhé la cosa è molto più complicata di quanto si immagini.
Un buon sequenziamento è di circa 1000 basi, il genoma è fatto di miliardi

se spezzetti il genoma in tante parti sarebbe come spezzettare miliardi di puzzles con miliardi di pezzi... come suddividerli per poi ricomporli? Di certo non puoi sperare di rifarlo ogni qual volta ti finisce un'aliquota poiché non la puoi riprodurre quando vuoi.

Per una questione soprattutto organizzativa, spezzetto il DNA in un certo numero di frammenti... questi andranno in altrettanti vettori che saranno numerati ed amplificati poi sequenziati
Poi si cerca di sovrapporre i pezzi es vettore 1 contiente ABCDE, il 3 contiene FGHILM
come faccio a sapere che il vettore 3 segue al 1? Utilizzo ad esempio il vettore 2 che conterrà CDEFGH.
In questo modo posso avere una idea della composizione del genoma in maniera ripetibile e posso anche suddividere i pezzi tra centinaia di laboratori che possono accedere, idealmente, in modo infinito alla stessa fonte. Poi si ricompone il tutto.

Nel tuo caso quando hai spezzato il DNA hai un'infinità di frammenti che non sai come separare e come riprodurre ogni qual volta vuoi, quando hai finito l'omogenato di DNA non puoi fare più sequenziamenti e non lo puoi suddividere nei vari laboratori.

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doraemon
Nuovo Arrivato

dorothy



37 Messaggi

Inserito il - 03 settembre 2009 : 19:32:55  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di doraemon Invia a doraemon un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
grazie..sei stato davvero gentile e chiaro nel rispondermi. però effettivamente nn ho posto bene la mia domanda.. il frammento che io inserisco in un vettore per poi sequenziarlo è il risultato, nel mio caso, di un esperimento di cdna subtraction. Quindi io sto partendo da una popolazione di cdna tutti uguali. Il fatto che io li metta in un vettore è, come dici tu, una questione di ripetibilità e di riproducibilità fra i vari laboratori?
Grazie ancora
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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8380 Messaggi

Inserito il - 03 settembre 2009 : 23:47:15  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Beh non solo quello è anche proprio il "metodo" per sequenziarli!
Parlando in linea generale, se tu metti un frammento in un vettore poi puoi sequenziarlo utilizzando dei primers disegnati sul vettore, la sequenza che otterrai sarà: sequenza pezzo di vettore + sequenza specifica del tuo frammento
ovviamente conoscendo la sequenza del vettore sai da dove parte la sequenza del tuo frammento.
Questo è importante sopratutto in quei casi in cui non sai assolutamente niente della sequenza del frammento, non potresti disegnarci primers per sequenziala!
Ma viene utilizzato anche in altri casi, anche se conosci la sequenza del tuo frammento, non puoi sequenziarlo "tutto" perchè le prime parti della sequenza non sono leggibili (ti perderesti un pezzo di sequenza), mettendo il frammento nel vettore ovvi a questo problema perchè i primers sono disegnati sul vettore e "esterni" alla tua sequenza.
Esistono dei vettori apposta che vengono utilizzati per il sequenziamento.
Un altro vantaggio è il fatto che mettendo tutti i frammenti nello stesso vettore (cioè lo stesso tipo di vettore), con una sola coppia di primers sequenzi tutti i frammenti, non devi disegnare primers per ogni frammento.

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doraemon
Nuovo Arrivato

dorothy



37 Messaggi

Inserito il - 07 settembre 2009 : 19:04:50  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di doraemon Invia a doraemon un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
graziee x l'illuminazione!!

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hurut84
Nuovo Arrivato


Prov.: Bari
Città: bari


3 Messaggi

Inserito il - 11 febbraio 2015 : 12:15:44  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di hurut84  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di hurut84 Invia a hurut84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Un dubbio: perchè, se si vuole clonare con il fago lambda con il metodo del packaging in vitro, si usa (per creare le particelle fagiche) un estratto cellulare di un ceppo batterico infettato da fagi mutanti difettivi nell’inserimento del DNA nella testa fagica, mescolato ad un estratto cellulare di un ceppo batterico infettato con fagi mutanti difettivi nella produzione delle code, ma in grado di effettuare il packaging?
Non si potrebbe utilizzare un solo ceppo batterico?
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