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lunatuning
Nuovo Arrivato
76 Messaggi |
 Inserito il - 14 settembre 2009 : 12:10:34
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salve a tutti!
ho urgente bisogno di una mano con sta domanda:
si presume che una proteina abbia un dominio capace di legare il DNA in maniera specifica. come fareste per verificare se questa ipotesi è vera? come si ricaverebbe la costante di affinità con il DNA? in che modo è possibile verificare quale sequenza la proteina riconosce?
grazie mille!
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zerhos
Utente Junior
Prov.: Pisa
Città: Pisa
421 Messaggi |
Inserito il - 14 settembre 2009 : 13:06:08
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risposta punto 1,3:secondo me converrebbe fare una chip e se nn sai nemmeno il tipo di sequenza a cui si lega meglio ancora è una chip on chip,poi isoli il complesso e procedi con un fingerprinting in modo da ridurre il frammento di DNA a solo quella "piccola" parte a cui si lega la proteina,quindi per vedere esattamente quali sono le basi che effettivamente interagiscono con la proteina di interesse,esegui delle mutagenesi.
risposta punto 2:beh nn ne sn sicuro,ma penso che bisognerebbe fare dei saggi con dei competitori,ma lascio alla parola a qualcun altro. |
"l'unica differenza tra me e un pazzo è che io non sono pazzo!"
Salvador.Dalì
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lunatuning
Nuovo Arrivato
76 Messaggi |
Inserito il - 14 settembre 2009 : 14:11:04
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io i chip non li ho fatti ho fatto fingerprinting e footprinting . secondo te quale dei due è più appropriato?
e per gli altri punti non ho idea...
intanto grazie x l'aiuto
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zerhos
Utente Junior
Prov.: Pisa
Città: Pisa
421 Messaggi |
Inserito il - 14 settembre 2009 : 14:45:48
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ah si scusa prima andavo di fretta,e come ben sai la fretta è cattiva consigliera :D
sisi intendevo footprinting,tra l altro altre tecniche che vengno utilizzate per l interazione sono anche
_EMSA
_il saggio della metil protection
nell emsa ta l'altro si fa uso d competitori(ho rivisto gli appunti  )per risalire alla specificità del legame con il DNA
per quanto riguarda la chip,o la sua applicazione più "MODERNA" cioè la chip on chip è una metodica ancora più sensibile di quelle sopra,perchè puoi verificare se le interazioni DNA-prot che vedi in vitro effettivamente sn presenti in vivo,questa tecnica poi ti permette di verificare anche altre cose,tipo i tempi di legame delle proteine ecc,cmq su queto forum si è parlato molto della chip e troverai parecchio.
PS:mi sn limitato solo a dare il nome delle tecniche,se vuoi informazioni più specifiche chiedi pure. |
"l'unica differenza tra me e un pazzo è che io non sono pazzo!"
Salvador.Dalì
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lunatuning
Nuovo Arrivato
76 Messaggi |
Inserito il - 14 settembre 2009 : 14:56:49
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si è una cattivissima consigliera ! :)
cmq il footprinting so come funziona ...
ora mi interesserebbe capire come rispondere al resto della domanda...
ma grazie dell'aiuto! |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 14 settembre 2009 : 14:58:46
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| Scusate lasciatemi solo specificare una cosa, la "chip" a cui si riferiva zerhos è la ChIP (andrebbe scritta così) che sarebbe l'immunoprecipitazione (IP) della cromatina (Ch) |
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