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 matrice con algoritmo di Smith e Waterman
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chemistry88
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21 Messaggi

Inserito il - 25 marzo 2010 : 16:03:35  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chemistry88 Invia a chemistry88 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ragazzi scusate dato ke mi sono iscritta ieri non so bene dove scrivere..avrei bisogno di aiuto il porf oggi ha spiegato come si costruisce una amtrice con il metodo di smith e waterman e io nn ho potuto seguire la lezione e ora nn la so fare..ho porvato a leggere anke altri topic su questo argomento ma nn ho cpaito un granke potreste aiutarmi facendomelo cpaire passo dopo passo grazie mille

chemistry88
Nuovo Arrivato



21 Messaggi

Inserito il - 25 marzo 2010 : 17:42:48  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chemistry88 Invia a chemistry88 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ragazzi xke nessuno mi riso x favore
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domi84
Moderatore

Smile3D

Città: Glasgow


1724 Messaggi

Inserito il - 25 marzo 2010 : 18:52:07  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao chemistry88 e benvenuto/a sul forum.
Questa non è una chat, quindi può passare anche un po' di tempo prima che qualcuno ti risponda.
L'argomento è stato trattato diverse volte:
http://www.biocomp.unibo.it/piero/corso/note/node79.html
http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=11392&SearchTerms=waterman
Qual'è il tuo dubbio nello specifico?

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...
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chemistry88
Nuovo Arrivato



21 Messaggi

Inserito il - 25 marzo 2010 : 19:17:11  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chemistry88 Invia a chemistry88 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
il mio dubbio e che il prof ci da due sequenze e noi dobbiamo completare la matrice con questo tipo di algoritmo e io nn ho capito come si fa mentre x l'algoritmo di n e wunch la so fare matrice
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 26 marzo 2010 : 09:51:37  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
e io nn ho capito come si fa mentre x l'algoritmo di needleman e wunsch la so fare matrice
allora per fortuna è molto piú semplice... la matrice per Smith e Waterman si fa nello stesso modo di quella per Needleman e Wunsch, l'unica differenza è che quando hai valori negativi devi inserire uno 0.

Per esempio, se in una casella il punteggio migliore sarebbe -2, devi scrivere 0, e cosí via..

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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chemistry88
Nuovo Arrivato



21 Messaggi

Inserito il - 26 marzo 2010 : 13:01:04  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chemistry88 Invia a chemistry88 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
scsamid ell'oliogm se ad esempio io ho questa matrice http://www.federica.unina.it/scienze-biotecnologiche/biotecnologie-cellulari-e-molecolari/algoritmi-dinamici-di-allineamento/ come si fa scusami se ti sto scocciando
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DIETIL.
Utente Junior

0818_da_fakestudent86



129 Messaggi

Inserito il - 13 aprile 2010 : 15:04:20  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di DIETIL. Invia a DIETIL. un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
qualcuno puo aiutarmi a capire come si numera una matrice...secondo l allineamento Needleman e Wunsch in una sequenza nucleotidica?.......so che dove ci sono gli asterischi si inserisce 1 e dove nn c e niente o si inserisce zero o proprio niente..........poi bisogna numerarli per trovare la patch col punteggio maggiore e io qui nn riesco a farlo....so che bisogna andare dal basso verso l alto e se si trova 1 lo si somma ma nn mi trovo.........x es http://www.federica.unina.it/scienze-biotecnologiche/biotecnologie-cellulari-e-molecolari/algoritmi-dinamici-di-allineamento/ a pag 7 le immagini che ci sono....io nn riesco a trovarmi con i risultati delle immagini..........
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domi84
Moderatore

Smile3D

Città: Glasgow


1724 Messaggi

Inserito il - 13 aprile 2010 : 20:35:37  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Perchè?!
A pagina 7 prendi la figura 2. Il numero della casella rossa è dato dal numero più grande delle caselle arancioni + o - 1.
Se vuoi partire tu dal principio devi partire dalla figura 1.
Dov'è che trovi difficoltà?

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...
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DIETIL.
Utente Junior

0818_da_fakestudent86



129 Messaggi

Inserito il - 15 aprile 2010 : 19:01:51  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di DIETIL. Invia a DIETIL. un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
si lo so che il sei deriva da 5(punteggio dell allineamento ottenuto fin li) + 1(dato che in quel quadratino c e l asterisco)..............ma quello che nn capisco e perche..x es vedi in posizione 3verticale;3orizzontale(partendo dall angolo giu a destra) c e la casella con il punteggio 3-nella direzione verticale(verso i nucleotide c) c e il e ok(perche la casella e senza asterisco e quindi nn ha il punteggio di 1).lo stesso vale in direzione diagonale verso l alto..........ma quando va su il punteggio e 2 perche ?...........potresti spiegarmi il meccanismo.......la teoria lo fatta ma mi sfugge qualcosa(quella globale utilizza anche i valori negativi per le gaps e forse qui che nn ho capito come fare)...............grazie x l aiuto
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domi84
Moderatore

Smile3D

Città: Glasgow


1724 Messaggi

Inserito il - 15 aprile 2010 : 19:53:36  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Se ho capito bene a quale 2 ti riferisci dovrebbe essere in blu nell'immagine che ti ho fatto, ed il numero è dato dal numero più grande fra quelli segnati in verde, +1 se c'è identità tra i nucleotidi (e in questo caso non c'è). Quindi rimane 2. Chiaro ora?

Immagine:

224,24 KB

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
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DIETIL.
Utente Junior

0818_da_fakestudent86



129 Messaggi

Inserito il - 16 aprile 2010 : 14:01:33  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di DIETIL. Invia a DIETIL. un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
GRAZIE MILLE....ora ho capito.......quindi nn avevo capito proprio niente........quello che nn sapevo e che il numero è dato dal numero più grande fra quelli segnati in verde........finalmente.mi sono disperato x capirlo. prima ho provato con quello che avevo capito dal libro ma niente.poi ho iniziato a ragionarla e cercare di svolgerlo mediante miei ragionamenti e andando a tentativi.che poi in certe cose mi trovavo e pensavo che ero vicino da capirlo ma invece no...............grazie domi84
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