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qxc
Nuovo Arrivato



9 Messaggi

Inserito il - 30 maggio 2010 : 17:47:52  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di qxc Invia a qxc un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Salve a tutti
Utilizzando Bioedit per l'analisi della composizione delle sequenze nucleotidiche(DNA mitocondriale) , con grande sorpresa ho notato che oltre alle basi azotate (AGCT cioè adenina,guanina,citosina e timina)
sono presenti altri simboli quali :
R,Y,N.
Riporto le composizioni ottenute tramite Bioedit :
DNA molecule: gi|121592288|gb|EF196661.1| Ursus thibetanus mitochondrion, complete genome
Length = 16795 base pairs
Molecular Weight = 5132662,00 Daltons, single stranded
Molecular Weight = 10183877,00 Daltons, double stranded
G+C content = 40,95%
A+T content = 59,05%

Nucleotide Number Mol%
A 5234 31,16
C 4284 25,51
G 2593 15,44
T 4683 27,88
R 1 0,01

DNA molecule: gi|159524410|ref|NC_009969.1| Tremarctos ornatus mitochondrion, complete genome
Length = 16766 base pairs
Molecular Weight = 5127267,00 Daltons, single stranded
Molecular Weight = 10167472,00 Daltons, double stranded
G+C content = 41,35%
A+T content = 58,62%

Nucleotide Number Mol%
A 5246 31,29
C 4348 25,93
G 2585 15,42
T 4583 27,34
Y 1 0,01
N 3 0,02

Mi spiegate cortesemente cosa stanno ad indicare i simboli R,Y,N ?

Il DNA mitocondriale non dovrebbe essere costituito solo dai residui AGCT ?
Grazie molte .

0barra1
Utente Senior

Monkey's facepalm

Città: Paris, VIIème arrondissement


3847 Messaggi

Inserito il - 30 maggio 2010 : 19:18:50  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di 0barra1 Invia a 0barra1 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Posto che non so nulla di bioinformatica, da biologia molecolare so che:
Y ---> pirimidina
R ---> purina
N ---> A o T o G o C
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qxc
Nuovo Arrivato



9 Messaggi

Inserito il - 30 maggio 2010 : 19:56:33  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di qxc Invia a qxc un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
grazie.. ma i miei dubbi rimangono.
Il dna mitocondriale allora puo' comprendere anche pirimidina e purina oltre che alle 4 basi azotate?
Hai per caso un link , dove possa delucidarmi?
Esiste un elenco delle codifiche utilizzate in biologia?
Non so nulla di biologia molecolare ..grazie ancora
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0barra1
Utente Senior

Monkey's facepalm

Città: Paris, VIIème arrondissement


3847 Messaggi

Inserito il - 30 maggio 2010 : 21:08:26  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di 0barra1 Invia a 0barra1 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
A e G sono purine. Quando si usa la lettera R all'interno di una sequenza si indica che quel nucleotide può essere A o G, per esempio perché non si è riusciti a determinare la sua esatta natura. T e C sono pirimidine, stesso discorso. Insomma, non è che sono nucleotidi diversi
dal normale. ;)
Per i link, purtroppo ho citato a memoria, non ne ho sottomano
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 30 maggio 2010 : 21:47:58  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Guarda anche:
http://it.wikipedia.org/wiki/Purina
http://it.wikipedia.org/wiki/Pirimidina

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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 31 maggio 2010 : 12:38:46  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Esatto, in questi casi bisogna fare riferimento al Codice IUPAC:
- http://www.bioinformatics.org/sms2/iupac.html

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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qxc
Nuovo Arrivato



9 Messaggi

Inserito il - 02 giugno 2010 : 22:13:43  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di qxc Invia a qxc un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie infinite a tutti per le vostre risposte..Ottimo forum!
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