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lalauretta
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Prov.: Bz
Cittą: Bolzano
25 Messaggi |
 Inserito il - 03 agosto 2010 : 10:49:38
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Ciao a tutti!
Qualcuno di voi per caso conosce un programma in grado di predirre la presenza di un peptide di transito a partire dalla sequenza nucleotidica?
Grazie in anticipo!
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Cittą: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 03 agosto 2010 : 10:56:21
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| Scusa la domanda, ma cosa intendi esattamente per peptide di transito? La sequenza segnale che porta un mRNA ad essere sintetizzato sul reticolo endoplasmatico, in modo che la proteina entri nella via secretoria? O ti riferisci ad un altro tipo di segnale? |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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lalauretta
Nuovo Arrivato
Prov.: Bz
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25 Messaggi |
Inserito il - 03 agosto 2010 : 12:09:12
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Sorry!
Intendo un peptide di transito all“interno di una proteina immatura che la indirizzi al sito bersaglio.
Vorrei sapere se esiste un programma che mi dica se c“é un peptide di transito, il sito di taglio e qual é il bersaglio. |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Cittą: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 03 agosto 2010 : 13:56:38
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Non č molto chiaro.. cos'č un sito bersaglio? A quale 'transito' ti riferisci?
Una volta che un mRNA č stato sintetizzato e trasportato fuori dal nucleo, puo' prendere per lo meno due vie alternative: quella delle proteine nucleari, e quella della via secretoria.
Il folding delle proteine immature avviene in due localizzazioni diverse, a seconda di quale via stia seguendo la proteina.
Infine, la localizzazione finale della proteina č determinata da una certa varietį di segnali, e non tutti sono stati caratterizzati. |
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lalauretta
Nuovo Arrivato
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25 Messaggi |
Inserito il - 03 agosto 2010 : 14:45:46
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ok, scusa ancora...
Molte delle proteine vegetali vengono sintetizzate all“interno della cellula come pre-proteine, nel senso che hanno la sequenza della proteina funziona e un pre-peptide, cioé un peptide segnale che le indirizza verso la loro posizione finale. Ad esempio non so se hai presente, ma la Rubisco é formata da diverse subunitį alcune codificate direttamente dal cloroplasto, ma altre dal nucleo. Le subunitį prodotte dal nucleo arrivano al cloroplasto grazie al peptide di transito, e una volta raggiunto il sito bersaglio (in questo caso il cloropalsto), il peptide di transito viene tagliato da un enzima in modo da rilasciare solo il pezzo funzionale della proteina, chiamato proteina matura.
Ogni peptide di transito é specifico per l“organello che deve raggiungere perché ha chiaramente degli aa conservati.
Vorrei sapere se c“é un programma che é capace di predirre la destinazione della proteina, quanto é lungo il petide di transito, dov“é il sito di taglio ecc....
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dallolio_gm
Moderatore
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2445 Messaggi |
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lalauretta
Nuovo Arrivato
Prov.: Bz
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25 Messaggi |
Inserito il - 04 agosto 2010 : 16:51:08
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ok grazie mille :)
quelli di uniprot li conoscevo giį... speravo proprio in un sito come il primo! Peccato che con le mie sequenze non funziona :p
Grazie ancora!!
ciau |
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valei
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11 Messaggi |
Inserito il - 16 agosto 2010 : 10:51:20
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Ciao,
questi sono gli ultimi lavori sul peptide di transito o, come pił comunemente viene chiamato, peptide segnale. Sono predittori specifici per peptide segnale di proteine transmembrana, basati su hidden markov models e sembra che diano dei buoni risulatati. E' possibile che gli stessi gruppi di ricerca abbiano costruito dei modelli estendibili anche alle proteine globulari...prova a dare un'occhiata! Non credo perņ che nessuno di questi ti sappia predire il tipo di localizzazione cellulare a cui la proteina č destinata.
http://gpcr.biocomp.unibo.it/cgi/predictors/spep/pred_spepcgi.cgi
http://octopus.cbr.su.se/index.php?about=SPOCTOPUS
http://phobius.sbc.su.se/
Ciao
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