inferire aplotipo da genotipo (phasing)

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arn
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12 Messaggi

Inserito il - 13 ottobre 2010 : 12:19:31

hi guys!!!
Abbiamo analizzato 5 microsatelliti(VNTR) in 4 soggetti mutati (patologia autosomica dominante, individuata mutazione causale!)per dimostrare la presenza un aplotipo condiviso e quindi di un ancestore comune.
Purtroppo per� non abbiamo il dna di tutti i soggetti appartenti alla famiglia per tanto non conosciamo la fase!!!

Ci sono dei softwares on-line che siano free che ci permettano in maniera semplice e rapida di stimare la probabilit� che un allele derivi dalla madre o dal padre cio� la fase??? Arlequin � troppo difficile perch� non abbiamo acquisito ancora le competenze giuste per lavorarci

Grazie a quanti ci vorranno suggerire!

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 14 ottobre 2010 : 12:27:50

5 microsatelliti mi sembrano pochi per il phasing. Io purtroppo ho utilizzato solo softwares come Phase e FastPhase, che servono per inferire l'aplotipo su grandi quantit� di dati (hapmap, 1000genomes, ...) e in ogni caso sono programmi a linea di comando, pi� difficili da utilizzare che Arlequin.

Non so se Mega possa calcolare la fase degli aplotipi. Per software di genetica, puoi guardare su pagine come questa. Se fossi in te, proverei ad imparare ad utilizzare Arlequin, il manuale � molto completo.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)