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 Alcuni dubbi sulle unità di mappa e RF..
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Tag   funzione di mappa    crossing over    Haldane    centimorgans  Aggiungi Tag

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silvioilbullo
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55 Messaggi

Inserito il - 08 febbraio 2011 : 13:32:00  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di silvioilbullo Invia a silvioilbullo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao ragazzi, sono "nuovo" diciamo... vi leggo molto ma scrivo poco... e sta volta devo preparare l'esame di genetica ma mi ritrovo alcuni dubbi a cui cerco di dare una risposta da settimane ormai... vengo al dunque.. (premetto che ho già searchato ma non ho trovato una risposta chiara ... )

se due geni sono localizzati sullo stesso braccio di un cromosoma questi si definiscono associati e nella meiosi non assortiscono indipendentemente, la distanza tra questi due geni (A e B per esempio) è funzione della percentuale di ricombinazione mi pare di capire... es A e B sono a 20cM = 20% di ricombinazione in meiosi = 20unità di mappa,

  A   B
 -------    questa è la rappresentazione di un eterozigote AaBb in cis
 -------  
  a   b


però noi abbiamo a che fare con un organismo diploide!! ovvero

  A   B
 -------
  A   B       

  a   b
 -------
  a   b

ipotizzando un C.O tra due filamenti otterrei 2 gameti ricombinanti.. e 2 parentali.. se avviene un altro crossing over avrò 4 casi ovvero una reversione al ditipo parentale oppure ho sempre 2 tetratipi (ipotizzando l'analisi delle tetradi di lievito) e 1 ditipo non parentale con il 100% di gameti ricombinanti... ovvero in media ho 50% + 0% +50% +50% +100% / 5 = 50% di ricombinazione
tutto questo se i geni fossero indipendenti ...

ma se appunto sono a distanza di 20cM/u.m la probabilità di un C.O è del 20% e quindi nella metà dei gameti del 20% dei casi sono ricombinanti l'altra metà parentali.. nell'80% dei casi sono invece tutti parentali..
ok e se la distanza fosse 80cM?
io so che per definizione la frequenza di ricombinazione massima è del 50% che è qll di due geni indipendenti (posti su due chr diversi o abbastanza lontani) e con distanze boh di 120cM??

Ho letto della mappa di Haldane che (non capisco come...)
mi mette sull'ordinata i Morgans (quindi cento cM) e sull'ascissa numeri dallo 0 allo 0.5 (presumo sia RF) e ho una parabola..
questo significa che due geni per essere indipendenti devono essere a 250cM ??? e quelli a 220cM allora che frequenza di ricombinazione hanno?

quello che non capisco poi è proprio la funzione...
cioè dalle slide del mio professore quello che ho capito io è questo ma non so se è corretto:

il C.O essendo un evento raro può essere "previsto" con una poissoniana quindi la probabilità di non aver nessun C.O è pari a e^-mu e quindi la probabilità di avere almeno un C.O è 1- e^-mu .....ora (non capisco perchè..
) c'è scritto che RF= 0.5 * (1-e^-mu) ...-.- la frequenza di ricombinazione è pari alla metà dei casi di almeno un C.O ???????che senso ha?? e poi da questa formula sostituendo troviamo che la probabilità di C.O è 1 - 2RF...
innanzitutto mu è la media dei crossing over direi e come faccio a saperla? RF dovrei invece trovarla dai dati osservati (guardo i ricombinanti e divido per il totale per esempio) quindi potrei trovarmi mu (la media reale dei C.O suppongo) che sarà pari al ln1 / ln 2RF ..... giusto??

ok scusatemi mi sono sicuramente dilungato troppo ma ho tentato di scrivervi quello che so sperando che eventualmente mi correggiate perchè non vorrei arrivare all'esame e dire fesserie... quello che poi mi attanaglia e che non riesco a capire è proprio questo concetto di mappa genetica... che è più comoda di quella fisica ecc ma con questa di funzione di Haldane non ci capisco niente...

spero mi possiate illuminare ... grazie infinite.. mi basta anche qualche link.. ho l'esame il 15

grazie infinite..

silvioilbullo
Nuovo Arrivato



55 Messaggi

Inserito il - 08 febbraio 2011 : 15:36:56  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di silvioilbullo Invia a silvioilbullo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
stavo leggendo questo pdf linkato da GFPina mi pare.. http://www2.units.it/crovella/gene09.pdf ho capito che con pochi cM es 10cM si può dire che corrispe al 10% di C.O e aumentando.. es 40% i C.O reali sono molto meno del 40% e con 200cM saranno circa 49% giusto? e guardando la slide nro 13 c'è questa spiegazione di haldane ..la w ossia la distanza di mappa in cM è -ln (1 - 2*RF) dove RF che è al max 50% è 0.5*(1-e^-2w)
qualcuno riesce a spiegarmi da dove sbucano queste formule? penso che centri con discorso che avevo accennato nel post prima della poissoniana.. il problema è collegare il tutto...


aggiungo un altro dubbio amletico...
Nel meccanismo di ricombinazione omologa durante la meiosi abbiamo spo11 che fa i due nick... ecco questi nick in tutti gli esempi che vedevo nei libri a volte erano entrambi sullo stesso cromosoma e si formava la doppia giunzione di holliday.. e a volte è sui due cromosomi omologhi e quindi con un invasione reciproca si forma una sola giunzione...-.- ma avvengono entrambi i casi casualmente o c'è una preferenza per uno o per l'altro? cercando su youtube poi ho trovato questo video che mi sembra spieghi bene tutt le proteine coinvolte nel caso di DSB e riparazione quindi in fase G2 ..http://www.youtube.com/watch?v=jRGPxuo0H30
ma una volta creato il taglio della doppia elica bisognerà pure creare il 3' overhang che invaderà in questo caso il cromatidio fratello no? questo ruolo lo svolge MRN giusto?e anche in questo caso c'è la versione a due giunzioni di holliday e quella con nessuna giunzione .. sono eventi casuali anche qui?

per terminare la mia lagna ...

con la risoluzione della giunzione di holliday sappiamo che a seconda del taglio abbiamo il prodotto di patch e di ricombinazione... ok ma questo è appplicabile solo al C.O tra omologhi no perchè quello che avviene in G2 per il DSB è appunto tra cromatidi fratelli identici e quindi sarebe inutile parlare di ricombinazione!! e l'altro concetto che mi sfugge... in tutte le immagini che ho visto della HR si vede che nel prodotto di patch in ogni caso apparte si crea un estesa sequenza ibrida con vari mismatch da un lato e dall'altro di fatto (al centro) c'è ricombinazione! ovvero una copia di un omologo sull'altro ma non è reciproco diciamo... ma di fatto il cromosoma è cambiato... e la conversione genica poi tramite il meccanismo di mismatc repair non dovrebbe portare nel 50% dei casi alla conversione genica?? i rapporti mendeliani quindi dovrebbero andare a farsi benedire quindi considerando che il 90% delle HR in meiosi terminano col patch (letto sul russel) ??? chi mi chiarisce le idee??
grazieeeeeee
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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8408 Messaggi

Inserito il - 09 febbraio 2011 : 00:13:21  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Oh mamma... scusa ma sono riuscita a perdermi nel tuo discorso, comunque provo a rispondere.

Innanzitutto:
Citazione:
però noi abbiamo a che fare con un organismo diploide!! ovvero

  A   B
 -------
  A   B       

  a   b
 -------
  a   b


Cos'è questo? Scritto così sembra un quadriploide, oppure sono i cromosomi dopo la duplicazione. La seconda ipotesi avrebbe più senso visto che il CO avviene quando i cromosomi sono duplicati.

Comunque per la spiegazione di perché la frequenza massima di ricombinazione è 50% ti rimando a:
http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=6098#31904
http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=7820

Per la funzione di Haldane, ho visto che hai già trovato il pdf che ti avrei linkato.
Riguardo alla relazione tra la funzione di Poisson e quella di Haldane, sì la seconda è ricavata dalla prima, ci sono lunghe spiegazioni, ad es. qui: www.ag.ndsu.nodak.edu/plantsci/adv.../mf07pf.htm
se hai voglia di leggere.

Comunque quello che dicevi qui:
Citazione:
il C.O essendo un evento raro può essere "previsto" con una poissoniana quindi la probabilità di non aver nessun C.O è pari a e^-mu

sì fino a qui hai la distribuzione di Poisson
Citazione:
e quindi la probabilità di avere almeno un C.O è 1- e^-mu

questa è la P(totale) - P(nessun CO),
quindi: 1- e^-mu
spero che fin qui ci siamo
poi si arriva a:
Citazione:
RF= 0.5 * (1-e^-mu)

qua ci sono 2 passaggi da fare:
RF= 1/2 * P(di avere almeno un C.O)
questo da quello detto all'inizio: se hai un c.o. metà saranno ricombinanti (la frequenza massima di ricombinazione è il 50% --- tutta la spiegazione di prima)
a questa formula sostituisci quella ricavata prima da poisson: P(di avere almeno un C.O)= 1- e^-mu
e ti viene appunto:
RF= 1/2 * (1- e^-mu)
ecco la funzione di Haldane.

Quest'altra cosa che hai scritto:
Citazione:
Ho letto della mappa di Haldane che (non capisco come...)
mi mette sull'ordinata i Morgans (quindi cento cM) e sull'ascissa numeri dallo 0 allo 0.5 (presumo sia RF) e ho una parabola..
questo significa che due geni per essere indipendenti devono essere a 250cM ??? e quelli a 220cM allora che frequenza di ricombinazione hanno?

non l'ho capita assolutamente...
comunque la "mappa" a cui ti riferisci penso sia questa:


ti fa vedere che la frequenza massima di ricombinazione è il 50% (0.5), man mano che aumenta la distanza in cM la RF si avvicna a 0.5 e quello è il limite! Poi che tu sia a 100cM o a 200cM è uguale comunque hai raggiunto il limite di 0.5!
Inoltre ti fa vedere graficamente quello che hai letto dal pdf e che hai riassunto qui:
Citazione:
ho capito che con pochi cM es 10cM si può dire che corrispe al 10% di C.O e aumentando.. es 40% i C.O reali sono molto meno del 40% e con 200cM saranno circa 49% giusto?


Ho cercato di chiarire i tuoi dubbi, citando qua e la nel discorso le cose che avevi postato in ordine sparso per seguire un filo... non so se a questo punto ho chiarito tutto o manca qualche pezzo, prova a leggere e poi nel caso dimmi se ci sono altri dubbi al riguardo.

Aggiungo solo una cosa che non so se ti è chiara:
una cosa sono i crossing over e una è la frequenza di ricombinazione, fai attenzione a non confondere le cose!
Questa cosa:
Citazione:
se appunto sono a distanza di 20cM/u.m la probabilità di un C.O è del 20% e quindi nella metà dei gameti del 20% dei casi sono ricombinanti l'altra metà parentali.. nell'80% dei casi sono invece tutti parentali..

è sbagliata!

Te la spiego in parole diverse
Se ho una cellula e ho c.o. avrò 2 parentali e 2 ricombinanti:
A   B           A   B          A   B    Parentale
-----           -----          -----     
A   B           A   B          A   b    Ricombinante
        c.o.      X     -->    
a   b           a   b          a   B    Ricombinante
-----           -----          -----            
a   b           a   b          a   b    Parentale

quindi 100% di c.o. è 50% di ricombinanti.

La relazione che lega distanza di mappa e frequenza di ricombinazione è:
1 cM = 1% di ricombinanti (o frequenza di ricombinazione)
quindi se 2 geni distano 20cM vuol dire che osserverò il 20% di ricombinanti, per avere 20% di ricombinanti vuol dire che il 40% delle cellule sono andate incontro a c.o.

Scusa ma dopo questa lunga spiegazione, e vista l'ora gli altri 2 dubbi non li ho neanche letti.
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silvioilbullo
Nuovo Arrivato



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Inserito il - 10 febbraio 2011 : 15:54:26  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di silvioilbullo Invia a silvioilbullo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
grazie di tutto... si lo ammetto sono stato magari un pò troppo dispersivo vabbeh studiando un pò più attentamente il russel credo di aver capito tutta sta storia della funzione di mappa.. e anche alla tua ultima spiegazione penso di aver ben chiaro cosa sia RF C.O e distanza di mappa!!

ora attendo se hai tempo/voglia di considerare il mio secondo post!
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