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diabolico85
Nuovo Arrivato



8 Messaggi
Inserito il - 17 febbraio 2011 : 16:59:09  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di diabolico85 Invia a diabolico85 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao a tutti!!!! studiando il seuqenziamento ho riscontrato che il problema principale della tecnica è stato rappresentato dalle ripetizioni presenti nel genoma!!!! in che senso e come è stato risolto il problema??? nonchè il problema dei gap!!!! qualcuno può aiutarmi

Ale_90
Utente Junior



296 Messaggi
Inserito il - 17 febbraio 2011 : 17:26:48  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Ale_90 Invia a Ale_90 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Per le sequenze ripetute, il problema si presenta al momento dell'assemblaggio delle zone sovrapponibili:

ACGCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGAGAGCG ---> sequenza originale

ACGCTGTGTGTGTGTGTG ---> primo clone
GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGAGAGCG ---> secondo clone
GTGTGCGCGCGAGAGCG ---> terzo clone


ACGCTGTGTGTGTGTGTG
-------------TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGAGAGCG

ACGCTGTGTGTGTGTGTG
---------------TGTGCGCGCGAGAGCG


Come vedi, entrambi i contig sono validi, ma nessuno dei due rappresenta la sequenza originale.
Un modo per ovviare al problema consiste nell'usare dei super-vettori di sequenziamento, come un BAC, in grado di contenere tutta la sequenza ripetuta come inserto; puoi usare lo stesso metodo per riempire i gap...

Spero di non aver fatto errori o averti confuso le idee, ma tra 4 giorni ho l'esame di biomolecolare XD
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diabolico85
Nuovo Arrivato



8 Messaggi
Inserito il - 17 febbraio 2011 : 17:44:05  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di diabolico85 Invia a diabolico85 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
devo dire che mi hai illuminato... grazie ;)
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0barra1
Utente Senior

Monkey's facepalm

Città: Paris, VIIème arrondissement


3847 Messaggi
Inserito il - 17 febbraio 2011 : 20:42:09  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di 0barra1 Invia a 0barra1 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ci sarebbe anche da dire che esiste un altro problema, ossia che a livello delle sequenze ripetute si tende ad avere ricombinazione, con fenomeni di i) chimerismo se le ripetizioni sono inverse, e cioè due tratti di DNA separati spazialmente vengono a trovarsi contigui, inficiando perciò la rappresentatività del frammento di DNA, oppure ii) excisione della stringa di nucleotidi, per ripetizioni dirette, con perdita di informazione.
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diabolico85
Nuovo Arrivato



8 Messaggi
Inserito il - 18 febbraio 2011 : 10:21:04  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di diabolico85 Invia a diabolico85 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
grazie per l'ulteriore chiarimento ;)
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