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euroskingo
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 Inserito il - 10 marzo 2011 : 16:27:22
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ciao,
č la prima volta che scrivo!!
sto facendo un lavoro per sostenere l'esame di bioinformatica, in pratica devo studiare una sequenza di aa inserita in una proteina. Le proteine sono E2 coinvolte nel processo di ubiquitinazione. Fra queste ce ne sono 4 (UBE2G1, UBE2G2, UBE2R1, UBE2R2), appartenenti alla famiglia 3 che hanno una particolare inserzione esclusiva di questa famiglia di circa 13 aa. Lo scopo del lavoro č: caratterizzare la sequenza e ipotizzare una possibile funzione regolatoria. Ho fatto cosi:
1. allineamenti multipli con clustalw per identificare la sequenza e verificare il grado di conservazione fra le 4 prot
2. predizione della struttura secondaria con psipred
3. visualizzazione con pdb-viewer per vedere posizione rispetto al sito catalitico e altri siti importanti, b-factor per la flessibilitā del loop.
secondo voi cosa posso fare ancora? vorrei ad esempio inserire l'ubiquitina nella visualizzazione 3D per vedere eventuali distanze e interazioni con la mia sequenza, ma non so se č una cosa fattibile....
grazie mille per l'aiuto ciauuu
euroskingo
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