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stellinabio87
Nuovo Arrivato
14 Messaggi |
 Inserito il - 31 agosto 2011 : 11:36:53
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Ciao ragazze/i...
sono nuova su questo forum, e da qualche mese per il mio pregetto di tesi sto utilizzando vari programmi di bioinformatica.
ma ho un problema con la costruzione degli alberi filogenetici.
per prima cosa: io so che per costruire un albero, prima di tutto bisogna scegliere il modello di sostituzione corretto per le mie sequenze (es HKY,JC ecc). so che posso trovarlo tramite l'utilizzo di Paup e modeltest, ma non ho paup perchè è a pagamento. come posso fare per scegliere il modello corretto? la distribuzione gamma? ecc?
poi: i valori di boostrap (fatti su 1000 replicati) nella maggior parte dei casi non superano il 70%. il problema è sempre il modello?
io sono capace di utilizzare phylip e mega, ma in entrambi i casi non ottengo risultati che mi soddisfano...
come posso fare???
aiuto aiuto!!!
grazie mille a tutti in anticipo!!
ciao ciao
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stellinabio87
Nuovo Arrivato
14 Messaggi |
Inserito il - 02 settembre 2011 : 09:43:55
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Ciao,
sono ancora io!ho fatto ancora un po' di prove e non è cambiato nulla...
ho utilizzando Mega e ho provato a cambiare i vari modelli, ma i valori di bootstrap rimangono sempre bassi...
credo che sia anche meglio dirvi che io non studio bioinformatica, ma solo da qualche mese sto provando a utilizzare questi programmi, leggendo i manuali e i tutorial che trovo su internet... non tutto mi è chiaro!!!
ho trovato inoltre questo sito: http://www.hiv.lanl.gov/content/sequence/findmodel/findmodel.html che permette di testare i modelli...
ho provato ed il risultato è GTR, e nei dettagli è possibile anche visualizzare i vari parametri, tra cui credo ci sia anche alpha(gamma).
può essere una soluzione valida? e poi il parametro gamma lo inserisco in Mega?
qui mi blocco...
non riesco a capire se il problema dei bootstrap sia dovuto alle mie sequenze o nella scelta del modello e dei parametri...
spero che qualcuno mi possa aiutare...
io mi sono arenata...oh, sia chiaro!!! non mi arrendo!!! ah ah ah
l'unica soluzione è comprare paup???
non esiste un programma simile free???
grazie a tutti, spero che qualcuno di più pratico di me mi possa aiutare!!! |
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