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Alessandro
Nuovo Arrivato


Prov.: Varese
Città: varese


7 Messaggi

Inserito il - 21 luglio 2004 : 12:00:08  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Alessandro Invia a Alessandro un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
qualcuno sa dirmi per quale motivo il legame di van der walls e più corto tra "g c" rispetto a "a t" per cui poi il dna è più denso
Grazie
Esame imminente

ale

z4r1u5
Nuovo Arrivato




56 Messaggi

Inserito il - 21 luglio 2004 : 13:39:55  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di z4r1u5 Invia a z4r1u5 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
forse ti riferisci ai legami a idrogeno, non alle forze di van der waals...se cosi fosse la risposta e' che tra G e C si istaurano 3 legami H e tra A e T se ne formano 2, di conseguenza la bp GC e' legata piu' strettamente che AT...
se invece il tuo problema e il legame ke si forma fra una bp e quella adiacente, beh! probabilmente tra G e C il dipolo immediato/indotto e' piu' stabile dal punto di vista energetiko rispetto allo stesso tipo di interazione tra A e T

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Alessandro
Nuovo Arrivato


Prov.: Varese
Città: varese


7 Messaggi

Inserito il - 21 luglio 2004 : 17:06:56  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Alessandro Invia a Alessandro un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Mi riferivo al legame tra una bp e quella adiacente...
Per far si che il dna risulti più denso dovrebbe essere più corto, ma perchè?

ale
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 25 luglio 2004 : 13:21:46  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Sinceramente non sapevo che ci fosse una così grande differenza tra le forze di van der Waals tra le basi adiacenti a seconda della composizione, e cmq mi sembra molto strano che queste portino a cambiamenti di densità del DNA. Ricorda che le interazioni di vdW (meglio chiamarle così, non sono veri e propri legami chimici) sono veramente infime: variano infatti con la settima potenza della distanza (se quindi raddoppi la distanza la forza diventa 1/128...) e sono essenzialmente forze dipolo-dipolo. Se in media l'energia di un H-bond è 2-5 kcal/mol, una interazione di vdW è 0.1-0.2 kcal/mol.

La differente densità del DNA è dovuta al fatto che tra A e T ci sono 2 legami idrogeno e tra G e C ce ne sono 3.
Questo è necessario, ad esempio, per favorire o meno la trascrizione. Non è un caso che le origini di replicazione, ad esempio siano ricche in AT (o pensa anche al TATA box).

nICO

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Saverione
Nuovo Arrivato

Prov.: Ascoli Piceno
Città: Ascoli Piceno


11 Messaggi

Inserito il - 28 luglio 2004 : 17:06:00  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Saverione Invia a Saverione un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Sono d'accordo, la differenza di densita'(ma non mi piace tanto questo termine) e' dovuta solo alla quantita'variabile di doppi legami fra AT e GC, le forze di VdW non credo sian coinvolte molto nella struttura.

Ah, in bocca al lupo per l'esame!

So per certo che gli uomini non sono liberi di scegliere il proprio destino...

ESISTE DUNQUE UN KARMA SUPREMO? E'LA MANO DI .DIO. CHE CONTROLLA IL LORO DESTINO?
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Alessandro
Nuovo Arrivato


Prov.: Varese
Città: varese


7 Messaggi

Inserito il - 29 luglio 2004 : 00:49:48  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Alessandro Invia a Alessandro un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ok sono con voi per il doppio e i il triplo legame.... ma wdw fra due coppie di basi impilate
c-g
g-c è -14,59

t-a
a-t è -6,57

g-c
c-g è -9.69

a-t
t-a è -3,82

stocking energies ( kcal/ mol dimero)

grazie comunque dell'aiuto, aspetterò una vostra risposta

ale
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Saverione
Nuovo Arrivato

Prov.: Ascoli Piceno
Città: Ascoli Piceno


11 Messaggi

Inserito il - 29 luglio 2004 : 01:13:19  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Saverione Invia a Saverione un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Mmm, stando a quello che hai scritto effettivamente le interazioni di VdW sono piu'marcate fra C G "impilate", e questo spiegherebbe tutto il discorso...Che cmque continua a non convincermi.

Non ho mai sentito prendere in considerazione cosi'le VdW per spipegare la densita'di una doppia elica, ma aspetto di sentire qualcuno piu'ferrato in materia.

So per certo che gli uomini non sono liberi di scegliere il proprio destino...

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Rando
Nuovo Arrivato

auto59

Prov.: Lodi


17 Messaggi

Inserito il - 29 luglio 2004 : 10:46:33  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Rando Invia a Rando un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Non ne avevo mai sentito prima, e giuro che ho anche fatto una bella ricerca con google, tutti dicevano che tratti GC erano più densi (e quindi separabili con centrifugazione a gradiente di densità ma non ne davano il motivo).

Inizialmente la mia ipotesi era una differenza in peso molecolare tra la coppia CG e la coppia AT, ma due o tre somme mi hanno smentito: GC pesa solo un dalton in più di AT...

Invece le interazioni stocking mi convincono: se sono maggiori significa che statisticamente nel tempo le coppie CG-CG (ovvero due "pioli" della "scala") saranno più vicine spazialmente, e quindi in quella zona il DNA contiene più paia di basi per unità di volume (o di lunghezza se vogliamo). Risultato: è più denso.

Ho imparato qualcosa di nuovo.
Vi ho convinto?

ciao
Rando
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Alessandro
Nuovo Arrivato


Prov.: Varese
Città: varese


7 Messaggi

Inserito il - 29 luglio 2004 : 13:37:53  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Alessandro Invia a Alessandro un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ho veramente guardato ovunque, vi ringrazio per il vostro interessamento!

ale
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