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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
 Inserito il - 19 ottobre 2012 : 19:07:18
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Sapreste consigliarmi un tool per vedere se una sequenza può fare delle strutture secondarie?
Ho provato con M-fold ma la lunghezza massima è 800nt.
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 20 ottobre 2012 : 11:50:53
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Va beh intanto mi rispondo da sola, poi magari passa anche qualcun altro più esperto a dire la sua.
Ho trovato questo che mi pare molto buono: RNAfold |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 20 ottobre 2012 : 14:22:14
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| I software che hai citato sono i due di riferimento attualmente. Su sequenze così grosse (> 800nt) non so però quanto queste predizioni siano reliable, dal momento che la struttura secondaria di un acido nucleico dipende dalla posizione relativa dei diversi stretch. |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 20 ottobre 2012 : 15:24:24
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Ok, grazie kORdA!
M-fold è quello che ho sempre utilizzato, RNAfold non lo conoscevo ma in effetti mi pare anche meglio. 
Lo so che con una sequenza così lunga non è così affidabile, ma in realtà mi serve solo per avere un'idea di massima, quindi va benissimo. Magari potrei suddividere la sequenza in frammenti e sottometterli individualmente, ma per quello a cui mi serve non vale la pena stare a sbattersi troppo. |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 20 ottobre 2012 : 17:18:24
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Citazione:
Messaggio inserito da GFPina
Magari potrei suddividere la sequenza in frammenti e sottometterli individualmente, ma per quello a cui mi serve non vale la pena stare a sbattersi troppo.
A dire il vero non ho mai usato direttamente questi software, so che vengono impiegato nelle "scatole nere" dei programmi di miRNA target prediction.
Frammentare la sequenza è una buona idea ma rischiosa, in quanto ti potresti trovare ad eliminare inavvertitamente dei loop dal momento che le sequenze complementari potrebbero venirsi a trovare su frammenti diversi.
Per caso stai lavorando su delle UTR? No, perchè in questo caso credo che ci sono banche dati con annotazioni già pronte su questo argomento. |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 21 ottobre 2012 : 12:45:45
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Beh io ho utilizzato qualche volta M-fold per gli oligo o comunque per corte sequenze.
No non sto lavorando su UTR, è solo una sequenza che mi dà alcuni problemi di amplificazione e stavo facendo un'analisi un po' ad "ampio spettro" diciamo, tra cui anche vedere se può fare strutture secondarie. Presenta ben 20 domini ripetuti, quindi so già che c'è una grossa omologia all'interno della sequenza.
Ovviamente la frammentazione andrebbe fatta non solo facendo frammenti da 800nt sequenziali, ma facendo anche quelli sovrapposti! Ma ripeto uno sbattimento troppo grosso per il mio scopo finale!
Grazie comunque dei suggerimenti!  |
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