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kORdA
Utente Attivo
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Inserito il - 01 maggio 2013 : 20:32:32
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Qualcuno riuscirebbe a reperirmelo?
Citazione: Lien S, Lowman HB. Therapeutic anti-VEGF antibodies. Handb Exp Pharmacol. 2008;(181):131-50. PubMed PMID: 18071944.
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Patrizio
Moderatore
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Inserito il - 01 maggio 2013 : 22:12:52
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fatto
PS:ho la nuova versione di PyMol ha qualcosa in piu' tipo quel plug in che ti dicevo (APBS) |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
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1303 Messaggi |
Inserito il - 02 maggio 2013 : 09:55:02
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Grazie mille!!!
Probabilmente i PyMol nuovi avranno anche APBS integrato, io sono rimasto alla 0.99 perchè le successive sono troppo pesanti per l'utilizzo che ne faccio.
Il mio consiglio spassionato è di usare l'APBS tool per un'indagine esplorativa, giusto per vedere com'è distribuito il potenziale elettrostatico. Se poi invece ci devi fare un lavoro sprecherei un po' di tempo ad imparare Delphi (non è difficile, e mi sembra che oltre al software forniscano anche dei servizi web).
Non ho ben capito cosa stai indagando però, nella ricerca bibliografica x il mio prossimo paper, ho trovato un articolo vecchiotto ma che potrebbe interessarti, mandami un PM se non riesci a recuperarlo.
In pratica 'sti tizi (ndr Lowman è uno degli "inventori" dell'Avastin) hanno sviluppato un metodo per migliorare l'affinità di un recettore (un mAb) puntando sull'attrazione elettrostatica del ligando, invece che sull'interazione di binding in sè. In pratica hanno affinato la Kd giocando sulla Kon anzichè sulla Koff. Buona lettura, sia mai che possa suggerirti qualche idea.
Citazione: Biochemistry. 2003 Jun 17;42(23):7077-83. PMID: 12795603 Redesigning an antibody fragment for faster association with its antigen. Marvin JS, Lowman HB.
Traditional approaches for increasing the affinity of protein-protein complexes focus on constructing highly complementary binding surfaces. Recent theoretical simulations and experimental results suggest that electrostatic steering forces can also be manipulated to increase association rates while leaving dissociation rates unchanged, thus increasing affinity. Here we demonstrate that electrostatic attraction can be enhanced between an antibody fragment and its cognate antigen through application of a few simple rules to identify potential on-rate amplification sites that lie at the periphery of the antigen-antibody interface.
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AleXo
Moderatore
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Inserito il - 03 maggio 2013 : 00:09:53
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gli anti VEGF GNE sono gli anticorpi + atipici del pianeta... |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
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Inserito il - 03 maggio 2013 : 09:04:17
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Citazione: Messaggio inserito da AleXo
gli anti VEGF GNE sono gli anticorpi + atipici del pianeta...
Tu dici? Forse l'anticorpo intero, ma il Fab strutturalmente mi sembra un modello esemplare tra tutti i complessi Fab::Ag che ho analizzato. |
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AleXo
Moderatore
Prov.: Estero
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Inserito il - 06 maggio 2013 : 22:50:17
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non so dirti per questa cosa in particolare, non me ne sono mai occupato, ma in generale si, Avastin e compagnia sono anticorpi atipici. Spaziando da effetti in vivo (pk/pd), particolare Kon, espressione e stabilita' e anche ad es. da come sono stati umanizzati... |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
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Inserito il - 07 maggio 2013 : 09:45:34
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quando dici particolare Kon mi si è acceso in testa un faro alogeno... Cosa intendi dire? Hai qualche ref in particolare da suggerirmi, oltre al paper che ho menzionato? Sarei molto moltissimo stra-mega-interessato a questo dettaglio in particolare (meglio ancora se si parla anche di Koff o di Kd) |
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AleXo
Moderatore
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Inserito il - 08 maggio 2013 : 20:55:07
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Allora, io queste info le so da insider, avendoci anche lavorato su, non so bene quanto sia pubblico o quanto possa divulgare.
Gli effetti della Kon sull'attivita' in vivo dell'anticorpo sono veramente drammatici. Generalmente, la Kon e' abbastanza boring ed uguale per tutti gli anticorpi "buoni".
Avastin e lucentis invece sono generalmente lentissimi, sopratutto il secondo.... alcune varianti di G6 invece ha una kon che e' praticamente un muro.
In questo paper di regeneron, vengono comparati gli anticorpi GNE vs. VEGF trap http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3338918/ ha generato molto casino, soprattutto perche' i loro risultati (affinita'/attivita') sono diversi dal solito ed usano un sistema dove VEGF trap ha un bias in loro vantaggio. Sono sorpreso che il paper di risposta della genentech non sia ancora fuori, era gia' quasi pronto per la pubblicazione mesi fa.
Ti linko altri paper che potresti trovare interessanti, non so se li hai gia' letti.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19252851 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16373345 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18234994
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kORdA
Utente Attivo
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Inserito il - 09 maggio 2013 : 09:14:55
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Materiale prezioso...
io ci sto lavorando tutt'ora sul bevacizumab. Mi vergogno un pochino di avere adottato un case study stravecchio del 1999 come questo
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10543973
Però qui hanno fatto un po' di affinity maturation in vitro partendo dal Fab-12 e hanno misurato Kon e Koff, da cui ci si calcola le Kd.
Quello che vedo dalle mie simulazioni è che trovo una buona correlazione tra Kd ed entalpia o tra Kd ed entropia conformazionale. Solo che queste correlazioni vanno in controtendenza (ie migliore affinità = peggiore entalpia e maggiore rigidità del Fab). L'unica spiegazione potrebbe risiedere nel fatto che la variazione di energia libera venga compensata da un miglioramento nell'entropia di solvatazione (ovvero un displacement dell'acqua durante il binding con l'antigene), solo che da un punto di vista computazionale è particolarmente rognoso fare un calcolo del genere. |
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kORdA
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Inserito il - 10 maggio 2013 : 14:11:52
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Citazione: Messaggio inserito da AleXo
In questo paper di regeneron, vengono comparati gli anticorpi GNE vs. VEGF trap http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3338918/ ha generato molto casino, soprattutto perche' i loro risultati (affinita'/attivita') sono diversi dal solito ed usano un sistema dove VEGF trap ha un bias in loro vantaggio. Sono sorpreso che il paper di risposta della genentech non sia ancora fuori, era gia' quasi pronto per la pubblicazione mesi fa.
Beh, qualche dubbio mi era sorto già comparando il lavoro di Chen (PMID:10543973) e quello di Muller (PMID:9753694) dove i valori di Kd per Fab-12 non mi tornavano nonostante gli autori avessero riciclato lo stesso protocollo Biacore. Sul paper che mi hai girato non ci posso fare molto però, perchè a me servirebbero più valori di Kd per più mutanti ottenuti da maturazione di affinità (e là menzionano solo bevacizumab e ranibizumab).
L'altro papero che disquisisce su Ab alternativi (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16373345) lo conoscevo, ma in quei casi la situazione si complica ancora di più (per me intendo) perchè l'epitopo mappa a cavallo dell'omodimero e non su un singolo protomero del VEGF, configurando un'interazione a 4 punti (le due catene dell'Ab e le due dell'Ag, un casino immane!).
In ogni caso, AleXo, grazie ancora di cuore...
Per quanto riguarda invece http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19252851 purtroppo non riesco a reperirlo, quindi mi appello al primo post di questo thread che qualche anima pia venga in mio soccorso di nuovo...
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AleXo
Moderatore
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Inserito il - 10 maggio 2013 : 20:55:36
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mandato! non puoi farli tu i mutanti? |
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kORdA
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AleXo
Moderatore
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Inserito il - 13 maggio 2013 : 17:17:31
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Sicuramente i dati ci sono in house, dubito che Genentech li "shari"... anyway, qualsiasi lab con un minimo di esperienza bio mol dovrebbe riuscire a fare sti mutanti.
come sistema modello avrei usato herceptin o rituximab, ma prob i dati che cerchi non sono pubblicati anyway. (ma c'e' una pletora di anti cd20 in giro...) |
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kORdA
Utente Attivo
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Inserito il - 14 maggio 2013 : 09:12:31
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Ok, ragguaglio il mio capo. Per il momento va bene così, sono in sottomissione del paper alla fine del mio assegno.
Sarei poco propenso a far partire nuovi calcoli per espandere il mio dataset. In fondo una ventina di mutanti pubblicati li ho già fatti, non sono tantissimi ma bastano per il momento.
Lo metto nelle cose da fare (prob non sarò io che le farò, sigh), grazie ancora... |
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