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Lavinia94
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 Inserito il - 14 marzo 2015 : 13:58:30
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La mia prof dà definizioni secondo me contrastanti del replicone:
prima dice che corrisponde a tutta l'area che è replicata a partire dal punto d'inizio della replicazione. Quindi corrisponde l'intero genoma di E.Coli oppure un intero plasmide.Poi dice che è costituito solo da replicatore (insieme di sequenze in cis che garantiscono l'inizio della replicazione) e iniziatore( proteine che legando le sequenze in cis danno inizio alla duplicazione).
Tornando al replicatore, esso è l’insieme di sequenze in cis che garantiscono l'inizio della replicazione. Sono sequenze consensus, ossia nella specie E.Coli è + probabile trovare una stessa o simile sequenza in questa posizione. In E. Coli il replicatore è costituito da 245 pb e questa regione è anche chiamata OriC, ossia origine.
Contiene :
A) due tipi di sequenze consensus: 1) sequenze di 13 pb con orientamento uguale[ci sono freccette con diversa direzione per ogni sequenza, che stanno a significare?], che vengono legate dalle proteine DNA A, le quali usando atp si assemblano a formare un barile che comporta un superavvolgimento negativo del DNA (rilassamento), che espone le sequenze consesus di 9 pb [con freccette nella stessa direzione], che sono ricche di A-T e quindi favoriscono la denaturazione. La parziale denaturazione è riconosciuta dall’elicasi(coordinata dalle subinità tau, coordinate con il core). Segue l’azione della primasi. (la velocità della primasi è aumentata dall’associazione con l’elicasi. Il complesso costituisce il primosoma). Segue il posizionamento della sliding clamp, la dissociazione del posizionatore dalla sliding clamp e il posizionamento del core della dna polimerasi III davanti alla sliding camp. Quando si legano le SSB (single strand binding proteins)?dopo l’azione dell’elicasi? E prima che si leghino la primasi o il core, le SSB si dissociano?
B) Contiene sequenze palindromiche GATC {che significa palindromiche? che si ripetono al rovescio. e quindi si possono avere appiamenti intrafilamento? è per questo la loro metilazione favorisce la replicazione?o non c’entra nulla?}. Queste sequenze vengono riconosciute dalla dam metilasi, la quale le metila entrambi i filamenti. Nei primi due minuti dopo la replicazione il filamento nuovo non è metilato, perché appena viene sintetizzato, la proteina SEQ A riconosce i siti emimetilati e vi si lega impedendo in legame della Dam metilasi. Impedisce anche il legame delle proteine DNA A e quindi, impedisce un subitaneo reinizio della duplicazione. Inoltre l'emimetilazione consente il riconoscimento del filamento nuovo da parte dei sistemi di riparo dei miss-match (non approfondito, non chiaro). Ancora l’eliminazione serve all’associazione con la membrana (non approfondito, non chiaro). Entro 2 min la seq a si dissocia e si associa la Dam metilasi.
Altra domanda: in E.Coli la DNA polimerasi I ha 1 core e agisce su di un filamento. La Dna polimerasi III ha 2 core con orientamento antiparallelo e agisce contemporaneamente sui 2 filamenti della doppia elica (modello a trombone). Giusto?
La DNA pol I, che agisce su 1 solo filamento, non è deputata alla replicazione, ma ha le seguenti funzioni:
1) rimozione innesco (primer). La rimozione dei primers può avvenire in 2 modi:
- attività 5’#61664;3’ di Nick translation, esclusiva della DNA pol I + ligasi
- L'altro sistema è quello che coinvolge le RNAsi H, che può comunque coinvolgere l'attività polimerasica della DNA POL I (oppure della III). Può servire a qualcos’altro l’attività polimerasica della DNA pol I?
2) riparo che attività della Pol I è? Polimerasica?
Per unire i framenti di Okazaki basta rimuovere e sostituire i primer o rimangono dei pezzi di dna a singolo filamento?
Allegato:  biologia molecolare.docx
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Didattica
Inserito il - 14 marzo 2015 : 17:49:02
