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maurizioolla
Nuovo Arrivato
Cittā: Cagliari
22 Messaggi |
 Inserito il - 20 novembre 2007 : 20:29:32
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Ciao ragazzi,
ho il file pdb di un cristallo di una proteina complessata con un pezzo di acido nucleico, una sequenza di nucleotidi. Io vorrei cambiare la sequenza (e quindi ad esempio cambiare una base purinica con una pirimidinica) e quindi ottimizzare la struttura: conoscete qualche software che 'magicamente':
1. permetta di cambiare una base con un altra in una determinata posizione
2. permetta di 'stressare' le distanze di legame per creare loop o bubble nel caso abbia due strand di nucleotidi appaiati ma che presentino in alcuni punti non possibilitā di legame (i.e. Adenina in uno strand e Citosina nell'altro strand affacciate tra loro oppure Guanidina e Uracile).
Altrimenti se non esistono software di questo tipo qualche suggerimento per farlo 'a manina'?
Vi ringrazio in anticipo
Buona serata a tutte/i
M*
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