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Sole_Robi
Nuovo Arrivato
Città: Parma
22 Messaggi |
 Inserito il - 13 febbraio 2008 : 13:22:09
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[testo cancellato su richiesta dell'autore]
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
 Inserito il - 13 febbraio 2008 : 21:14:51
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Secondo me é meglio usare quelle di uniprot (o al massimo di ebi).
Stai attento che le sequenze nel pdb a volte non corrispondono alla proteina completa.
Il database pdb contiene strutture cristallizzate: il che significa che alcune parti della proteina, ad alta entropia, non cristallizzabili, possono essere escluse.
A volte le proteine possono anche essere modificate artificialmente per essere più stabili, e aumentare la definizione del cristallo.
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Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 15 febbraio 2008 : 10:48:28
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Va bene, va bene...
tieni presente le considerazioni di dallolio_gm ma abbi un po' di fiducia (se i modellisti non potessero piu' contare nemmeno sulle strutture cristallografiche sarebbe un vero guaio).
A meno che tu non sia sfigata in genere i PDB sono integri, magari manca qualche catena laterale che si puo' benissimo aggiustare facendo mutagenesi in silicio + analisi dei rotameri. Manchera' forse qualche residuo, ma sono in posizioni non troppo disperate da un punto di vista strutturali (N-term o C-term).
Se sei un po' + sfigata potrebbero mancare dei residui non risolti interni alla struttura, ma spesso si tratta di un pugno di residui, ricostruibili (no facile, ma fattibile).
Se sei sfigatissima (ad es. se lavori su immunoglobuline) puo' capitare che manchino interi elementi di struttura secondaria, e li ti devi affidare a manzoniana Provvidenza...
In ogni caso, se non devi fare modelli il Protein Data Bank non è l'unica risorsa.
Il mio consiglio è:
1 - vai su expasy e cerca quante annotazioni possibili sulla sequenza
2 - da li cerca su SMART o PFAM la possibile organizzazione dei domini
3 - fai un BLAST o un FASTA impiegando come banca dati swiss-prot; in questo modo puoi star certa di ottenere sequenze amminoacidiche gia' risolte (vengono filtrate le seq ottenute per predizione da cDNA, messaggeri e altro) |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 15 febbraio 2008 : 10:52:13
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| e comunque la ricerca la farei usando il fasta della proteina tagliata (che credo che probabilmente manchi del peptide segnale) |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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AleXo
Moderatore
Prov.: Estero
Città: San Francisco, California
1550 Messaggi |
Inserito il - 16 marzo 2008 : 20:59:52
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qual e' il senso di questo topic?
C'e' una buona risposta ma nessuna domanda...
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Sole_Robi
Nuovo Arrivato
Città: Parma
22 Messaggi |
Inserito il - 17 marzo 2008 : 12:28:31
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CIAO RAGAZZI RIFORMULO LA DOMANDA PER UNA SERIE DI IMPICCI PRATICI...
IL MIO DUBBIO ERA RELATIVO ALLA SEQUENZA AMINOACIDIC DA SCEGLIERE NEL MOMENTO IN CUI QUELLA SU PDB FOSSE DIVERSA DA QUELLA RISCONTRABILE SU BANCHE DATI COME UNI PROT, ECC... SE SONO DIVERSE PERCHE' LO SONO? E QUALE PRENDERE COME PIU' ATTENDIBILE??
GRAZIE,
CIAUUUUUUUUU |
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