| Autore |
Discussione |
|
|
Fago
Nuovo Arrivato
9 Messaggi |
 Inserito il - 18 aprile 2008 : 10:07:54
|
ho una serie di sequenze di DNA mitocondriale di diversi individui della stessa specie fungina...
chi mi sa consigliare un bel programma per la costruzione di alberi filogenetici?
|
|
|
|
|
cge
Nuovo Arrivato
Città: Roma
105 Messaggi |
|
|
Fago
Nuovo Arrivato
9 Messaggi |
Inserito il - 19 aprile 2008 : 22:59:37
|
grazie  |
 |
|
|
dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 02 maggio 2008 : 18:10:08
|
Ti consiglio di usare Mega, funziona sia su Linux che su Win e Mac.
Funziona molto bene ed é facile da imparare (seguiti il tutorial), però, non supporta i metodi bayesiani.
Se volessi utilizzare questi ultimi ti consiglio Mr. Bayes (http://mrbayes.csit.fsu.edu/), anche questo multipiattaforma.
Accidenti, c'é pure un forum sui software genetici, non lo conoscevo:
- http://gsf.gc.ucdavis.edu/ |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
|
|
|
muflone82
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
Inserito il - 02 maggio 2012 : 16:10:20
|
Ciao Ragazzi,
volevo fare una domanda a proposito di Mega. Attraverso questo software si può calcolare il best DNA models dal menu a tendina models. Una volta calcolato come si fa a mandarlo in input quando si costruisce l'albero?
Mettiamo il caso in cui il programma mi trova come miglior modello GTR+I+G. Io quando costriusco l'albero posso impostare GTR+I+G ma a quanto va impostato il no di discrete gamma categories? E le percentuali di A,T,C,G identificate nel calcolo del miglior modello non vengono più considerate? Ultima domanda, nel caso in cui utilizzo un outgroup dovrei prima calcolare il miglior modello di tutte le sequenze senza l'uotgroup e poi inserire, per formare l'albero definitivo, anche gli outgropu.
Grazie |
|
|
| |
Discussione |
|
Guide tools online
