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Discussione

Luis 22
Utente

Citt�: Bari

755 Messaggi

Inserito il - 03 gennaio 2006 : 00:48:41

A proposito di microarray, vorrei chiarire due cose:

1)Fotolitodeposizione: serve per la produzione di chip ad alta densit�. Non ho capito bene, per�, il funzionamento delle maschere fotolitografiche per dirigere la luce contro i gruppi chimici fotolabili che proteggono il supporto.

2)EST (Expressed sequence tag: sequenze espresse etichettate): sono sequenze di centinaia di pb alle estremit� di ciascun clone che sono state sequenziate e poste in una banca dati(GENEBANK) e servono ad ovviare ad alcuni limiti della tecnica di microarray.
Ma esattamente come?

La vita e i sogni sono fogli di uno stesso libro. Leggerli in ordine � vivere, sfogliarli a caso � sognare. (Arthur Schopenhauer)&

chick80
Moderatore

Citt�: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 03 gennaio 2006 : 03:12:13

Se non ricordo male c'era un articolo su un Le Scienze di 3-4 anni fa che spiegava bene la fotolitografia.
Ti dico quello che mi ricordo, ma conta che non l'ho mai visto fare dal vivo, quindi magari ci sono alcune sottigliezze tecniche che mi sfuggono.

Comunque sia, l'idea di base e' che tu hai questa maschera con tante "finestrelle" una x ogni oligo del tuo chip, che possono essere aperte o chiuse.

Ora facciamo finta, x semplificare, di avere un chip con 4 oligo:
oligo 1) ACCGTGA
oligo 2) CGAAGTA
oligo 3) AGTTGAC
oligo 4) GGTCAAC

Ora, tu hai un supporto con dei gruppi fotosensibili + nucleotidi protetti con gruppi fotosensibili.
La sintesi avviene facendo legare ciclicamente A, C, G e T solo dove necessario, attivando o meno i gruppi fotosensibili con luce UV.
Situazione iniziale


-----------------------  Maschera

  X    X    X    X
-----------------------  Supporto
  1    2    3    4

Dove X sono i gruppi protetti del supporto

Ora, apri la maschera sulle posizioni degli oligo 1 e 3, accendi la luce UV e cosi attivi solo quei 2.


     Sorgente UV      
|||||||||||||||||||||                   
-|||-------|||---------  Maschera
 |||       |||
       X         X
-----------------------  Supporto
  1    2    3    4

A questo punto metti sul chip una soluzione di A (sempre protetta) e avrai il legame solo in 1 e 3 (che iniziano con A)


-----------------------  Maschera

  X         X
  A    X    A    X
-----------------------  Supporto
  1    2    3    4

A questo punto si passa a C. Apri la finestrella 1 e 2 e metti la soluzione di C ottenendo


  X
  C    X    X
  A    C    A    X
-----------------------  Supporto
  1    2    3    4

Poi apri 2, 3 e 4 e metti G


  X    X    X
  C    G    G    X
  A    C    A    G
-----------------------  Supporto
  1    2    3    4

e cosi via.

Un paio di precisazioni:
- ovviamente ad ogni passaggio devi lavare via l'eccesso di nucleotidi
- molto ovviamente c'e' un macchinario che fa tutta questa menata di aprire finestrelle e mettere i nucleotidi....
- questo metodo e' ok solo x oligo non troppo lunghi (credo attorno ai 15-20 bp) perche' allungando troppo gli oligo e' facile che ci siano residui dei precedenti nucleotidi o attivazioni non volute di altri gruppi che possono portare a prodotti meno puri.

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