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muflone82
Nuovo Arrivato

3 Messaggi

Inserito il - 01 giugno 2010 : 19:54:22

Ciao ragazzi, il mio capo ha mandato a sequenziare i genomi di 10 batteri e ora io dovrei analizzarli; mi sono documentato e volevo chiedere conferma, se qualcuno di voi l'ha mai fatto, della procedura.
Dovrei identificare come prima cosa le ORF e poi fare l'annotazione funzionale ma ho un po di problemi:
1)I files che mi sono stati dati sono in txt (Fasta) ma ci sono pezzi di sequenze piu o meno lunghi ognuno con la dicitura come questa in esempio... >ConsensusfromContig83 Average coverage: 45.40 che vuol dire come fare a sistemarli?
2)Come programmi ho trovato ORF finding che è un web tool, Artemis e poi altri programmi che girano solamente su linux (glimmer, velvet e critica).

Sapete dirmi qualcosa su come procedere e su come funzionano questi programmi?

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 03 giugno 2010 : 13:46:26

Devi effettuare l'assembly e la annotazione di 10 genomi di batteri completi?

E' un bel lavoro, si tratta almeno di una tesina di laurea di specialistica. Non sono molto esperto di queste cose, ma ti consiglio di chiedere in questo forum in inglese:
- http://biostar.stackexchange.com/questions
in particolare, dai una occhiata alle discussioni taggate 'ngs'.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)