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Umbrina
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10 Messaggi

Inserito il - 08 dicembre 2010 : 23:20:28

Salve a tutti, ho fatto una PCR di alcuni campioni che ho poi fatto correre su gel al 2% la banda � di circa 1000 bp ma siccome ho problemi con il marker l'ho fatto correre un bel p� affinche si aprisse (lasciamo stare cmq non si � aperto) ma le altre bande hanno corso un bel p�. quindi mi chiedo ma una banda di circa 1000 bp se lasciata correre su gel al 2% continua a migrare nel gel oppure si ferma nella parte iniziale anche se lascio correre? perch� le bande dei campioni che ho avuto me le sono ritrovate molto in basso nel gel, per� non essendosi aperto il marker non so di che grandezza sono per� per me sono decisamente amplificato e non residui dei componenti della PCR. MI potreste delucidare in tal senso? Grazie infinitamente

gilthanas
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100 Messaggi

Inserito il - 08 dicembre 2010 : 23:28:35

...beh diciamo che hai avuto dei problemi nella corsa...

che marker di peso molecolare hai usato?? Un gel al 2% � molto compatto e si usa spesso per bande al di sotto dei 500bp...ma ad ogni modo una banda da 1000 ci migra benissimo lo stesso...e continua ovviamente a correre verso il polo positivo durante tutte le corse...

tutto dipende da che marker hai usato...se hai messo il marker 1Kb o 1Kb plus che sono i pi� comuni avrai dei seri problemi a vedere che si apra...perch� genera bande dai 10000bp in gi� separate da 1Kb una dall'altra..ossia 10000-9000-8000 e cos� via...fino a mille, dopo fa 500 o 750 e qualche altra banda....ci sta che si apra poco, le ultime e pi� piccole bande migrano x bene ma per il resto...

in genere per il motivo che ti dicevo prima su un gel al 2% si mette il marker 100bp ossia genera delle bande che si differenziano di 100bp una dall'altra...
riprova con questi reagenti se li hai..e vedrai che tutto dar� ok... cos� almeno sei sicura delle dimensioni delle tue bande...

Umbrina
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10 Messaggi

Inserito il - 09 dicembre 2010 : 00:27:21

Grazie per aver risposto :-D cmq � un marker quantitativo ma non � uno di quelli ke hai mensionato, non so ke marker � perch� mi � stata data un'aliquota per� non so ti posso dire che il colore � di un blu elettrico. Cmq sono in attesa del 1Kb decisamente meglio, con quello non ho mai avuto problemi. Per� per adesso mi devo arrangiare con questo, l'importante � che le bande sono degli amplificati e probabilmente sono di 1000 bp perch� sono dicura di non essermi sbagliata con i primers e poi su 20 campioni sono tutti alla stessa altezza.

gilthanas
Nuovo Arrivato

100 Messaggi

Inserito il - 09 dicembre 2010 : 00:34:20

tranquilla..allora non ti preoccupare...sembrano essere ok!!

Un consiglio per il futuro...se hai sempre questo marker, per ora farei il gel all'1%...va benissimo x bande da 1000-2000...vedrai che anche il marker migliorer�...
in bocca al lupo!!!

Umbrina
Nuovo Arrivato

10 Messaggi

Inserito il - 09 dicembre 2010 : 00:36:02

Grazie......Crepi

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