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Aul_ICOS
Nuovo Arrivato



25 Messaggi
Inserito il - 01 giugno 2012 : 22:38:52  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Aul_ICOS Invia a Aul_ICOS un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao ragazzi, ho un problema, non riesco a trovare in NCBI la sequenza del genoma completo di DH5 alpha, lo strain maggiormente utilizzato per ricombinazioni... Mi servirebbe la sequenza completa. Suggerimenti?

0barra1
Utente Senior

Monkey's facepalm

Cittā: Paris, VIIčme arrondissement


3847 Messaggi
Inserito il - 01 giugno 2012 : 23:33:06  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di 0barra1 Invia a 0barra1 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Se posso chiedere, a cosa ti servirebbe tutta la sequenza?
Vuoi ricombinare in un punto specifico?

Magari un escamotage lo si trova...
So, forget Jesus. The stars died so that you could be here today.
A Universe From Nothing, Lawrence Krauss
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Aul_ICOS
Nuovo Arrivato



25 Messaggi
Inserito il - 01 giugno 2012 : 23:38:10  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Aul_ICOS Invia a Aul_ICOS un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ti spiego, sto lavorando con un ceppo di DH5 alpha che si suppone sia mutante per un gene chiamato pyrF che č coinvolto nel metabolismo delle pirimidine. Ho ordinato dei primer per eseguire una PCR su questo gene. Il problema č che non sono sicurissima del fatto che DH5 alpha wild type abbia questo gene. La persona che si suppone abbia effettuato la mutazione non č molto affidabile e non lavora piu nel lab... quindi sto cercando di ottenere quante piu info possibili.
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GFPina
Moderatore

GFPina

Cittā: Milano


8408 Messaggi
Inserito il - 02 giugno 2012 : 11:29:07  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
DH5 alfa non presenta alcuna mutazione in pyrF, qua trovi il suo genotipo:
http://ecoliwiki.net/colipedia/index.php/DH5_alpha
http://openwetware.org/wiki/E._coli_genotypes#DH5.CE.B1

la sequenza completa del suo genoma non la troverai in NCBI perchč non esiste, non č stato sequenziato.
Questi sono i ceppi sequenziati:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/167
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/genomes/167?subset=
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GFPina
Moderatore

GFPina

Cittā: Milano


8408 Messaggi
Inserito il - 02 giugno 2012 : 11:38:03  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Scusa rileggo ora che la tua domanda era se DH5 alfa possiede il gene pyrF non se ha una mutazione in questo gene.

Per quanto ne so io essendo DH5 alfa generato da K-12 dovrebbe avere il gene pyrF.
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Aul_ICOS
Nuovo Arrivato



25 Messaggi
Inserito il - 02 giugno 2012 : 13:23:52  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Aul_ICOS Invia a Aul_ICOS un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Si, in effetti č quello che ho pensato anche io... essendo un derivato di K12 dovrebbe in teoria avere il gene... ieri ho provato a fare una pcr ma non mi č venuta... Chissa... Grazie mille!
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