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 predizione struttura proteine [seminario bioinf]
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ALLY
Nuovo Arrivato



3 Messaggi

Inserito il - 08 gennaio 2007 : 17:39:00  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ALLY Invia a ALLY un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao a tutti..
c'č stato un cambiamento e ho deciso di fare un semianrio per l'esame di bioinf..a proposito della predizione della struttura delle proteine..ome posso organizzarlo?nn dev'essere prettamente bioinformatico e difficile..tutti avete la mia mail o cmq potete risp qui..con dei consigli, del materiale, una scaletta guida di impostazione (il seminarionn deve superare i 30 min)..
vi prego, aiutatemi!!!

dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Cittā: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 08 gennaio 2007 : 22:30:45  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Potresti studiarti questo: http://www.russell.embl-heidelberg.de/gtsp/flowchart2.html

p.s. per favore non invitare la gente a risponderti in privato

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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elena0308
Utente Junior

Prov.: Pistoia
Cittā: pescia


207 Messaggi

Inserito il - 10 gennaio 2007 : 23:47:31  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di elena0308  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di elena0308 Invia a elena0308 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
beh potresti andare su www.expasy.org e studiarti i tools sulla predizione di struttura proteica (secondaria e terziaria), poi scaricarti spdv : http://swissmodel.expasy.org/spdbv/text/download.htm

č un programmino che ti allinea sequenze di amminoacidi (la tua ignota con una proteina giā risolta) utilizzando quest'ultima come modello per omologia

Poi potresti cercarti qualche info sull'uso delle reti neurali per la predizione di struttura

Rock hard ride free all your life
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tommasomoro
Utente Junior



358 Messaggi

Inserito il - 29 maggio 2007 : 00:34:32  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di tommasomoro Invia a tommasomoro un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
http://robetta.bakerlab.org/


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orcaimpetuosa
Utente Junior



234 Messaggi

Inserito il - 07 dicembre 2007 : 23:51:49  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di orcaimpetuosa  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di orcaimpetuosa Invia a orcaimpetuosa un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
http://www.bio.unipd.it/molbinfo/Corso_Bioinfo_2/corso.html
poi ho trovato utile anche un manuale, di cui ora mi sfugge il nome, mi pare fosse proprio "Manuale di bioinformatica" senza tante pretese ma molto pratico
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miky76
Utente Junior



126 Messaggi

Inserito il - 17 marzo 2009 : 17:34:10  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di miky76 Invia a miky76 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao

pongo qua la domanda

ma e' la stessa che sta scritta in domande comuni e risposte

solo che la risposta non l'ho trovata!

po esse che non ho letto bene



allora domandona da una che e' totalmente ignorante in materia e che litiga sempre con i programmi di bionformatica

Ho la sequenza di un proteina e ne vorrei conoscere la struttura terziaria. Come posso conoscere/predirre la strutt. terziarie di una proteina partendo dalla sequenza?

sapete di un programmino stupido... semplice da capire????
tipo metto sequenza e clicco un pulsante e mi da la previsione????

grazie mille
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Cittā: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 17 marzo 2009 : 18:19:55  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da miky76

ciao

pongo qua la domanda

ma e' la stessa che sta scritta in domande comuni e risposte

solo che la risposta non l'ho trovata!

po esse che non ho letto bene

Hai letto bene, solo che il topic non e' aggiornato!!


Citazione:




allora domandona da una che e' totalmente ignorante in materia e che litiga sempre con i programmi di bionformatica

Ho la sequenza di un proteina e ne vorrei conoscere la struttura terziaria. Come posso conoscere/predirre la strutt. terziarie di una proteina partendo dalla sequenza?

sapete di un programmino stupido... semplice da capire????
tipo metto sequenza e clicco un pulsante e mi da la previsione????

grazie mille

Non é un problema banale: non é facile (e probabilmente possibile) prevedere l'effetto di ogni possibile legame alla struttura terziaria di una proteina, in parte per problemi di calcolo, e in parte per la mancanza di un modello perfetto.

Detto questo, il sistema che potresti usare é Swiss-model:
- http://swissmodel.expasy.org/
e in particolare, partire dalla sezione chiamata 'First approach mode':
- http://swissmodel.expasy.org/workspace/index.php?func=modelling_simple1


Il flowchart che ho postato prima illustra abbastanza accuratamente i passaggi che é necessario fare: swiss-model ne esegue automaticamente qualcuno.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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miky76
Utente Junior



126 Messaggi

Inserito il - 18 marzo 2009 : 11:53:13  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di miky76 Invia a miky76 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando

ok grazie


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simcrist
Nuovo Arrivato


Prov.: Milano
Cittā: Milano


62 Messaggi

Inserito il - 20 aprile 2009 : 07:34:31  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di simcrist Invia a simcrist un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ASicuramente degli spunti interessanti per i contenuti li puoi trovate sui siti:

http://www.expasy.ch
http://www.bmb.uga.edu/wampler/tutorial/
http://www.paccd.cc.ca.us/instadmn/physcidv/chem_dp/chemweb/protein/intro.htm


Citazione:
Messaggio inserito da ALLY

Ciao a tutti..
c'č stato un cambiamento e ho deciso di fare un semianrio per l'esame di bioinf..a proposito della predizione della struttura delle proteine..ome posso organizzarlo?nn dev'essere prettamente bioinformatico e difficile..tutti avete la mia mail o cmq potete risp qui..con dei consigli, del materiale, una scaletta guida di impostazione (il seminarionn deve superare i 30 min)..
vi prego, aiutatemi!!!


Dr.Simone Cristoni
ISB srl
laboratori analisi chimiche
Analisi sostanze stupefacenti
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enaud
Nuovo Arrivato



3 Messaggi

Inserito il - 05 luglio 2009 : 12:37:01  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di enaud Invia a enaud un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
per quanto riguarda il threading avete qualcosa? dispense, server, trumenti qualsiasi cosa... grazie
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nessuno
Nuovo Arrivato



1 Messaggi

Inserito il - 24 settembre 2009 : 12:11:18  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di nessuno Invia a nessuno un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
salve a tutti ho un esame di biochimica cellulare dove la prof mi chiede il glut-sequenze di identificazione e tabella blosum 62.ringrazio tutti per la gentile collaborazione
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