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greygc
Utente Junior



160 Messaggi

Inserito il - 27 giugno 2012 : 21:34:12  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di greygc Invia a greygc un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
un operone batterico costituito da 3 geni ha 3 sequenze shine dalgarno e 1 codone stop? o 1 seq shine dalgarno e 1 codone stop? o 3 seqshine-dalgarno e 3codone stop? 1 seq shine-dalgarno e 3 codoni stop?
secondo me la prima

0barra1
Utente Senior

Monkey's facepalm

Città: Paris, VIIème arrondissement


3847 Messaggi

Inserito il - 27 giugno 2012 : 21:46:21  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di 0barra1 Invia a 0barra1 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Innanzitutto il ribosoma deve legarsi al trascritto.
Quindi 1 seq. SD.
Incontrata il primo AUG e parte la traduzione.
Poi deve esserci uno STOP per evitare la produzione di una singola poliproteina, concordi?
Spesso tra lo STOP ed il successivo START intercorre una distanza in bp minima, quindi non c'è necessità di un secondo SD.
Inizia la traduzione della seconda proteina, fino ad un nuovo codone di stop e cosi' via.


So, forget Jesus. The stars died so that you could be here today.
A Universe From Nothing, Lawrence Krauss

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greygc
Utente Junior



160 Messaggi

Inserito il - 27 giugno 2012 : 21:53:51  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di greygc Invia a greygc un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
quindi tu dici che non è necessario avere 3 seq shine dalgarno ma la cosa fondamentale sono i 3 stop! giusto?
Citazione:
Messaggio inserito da 0barra1

Innanzitutto il ribosoma deve legarsi al trascritto.
Quindi 1 seq. SD.
Incontrata il primo AUG e parte la traduzione.
Poi deve esserci uno STOP per evitare la produzione di una singola poliproteina, concordi?
Spesso tra lo STOP ed il successivo START intercorre una distanza in bp minima, quindi non c'è necessità di un secondo SD.
Inizia la traduzione della seconda proteina, fino ad un nuovo codone di stop e cosi' via.



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0barra1
Utente Senior

Monkey's facepalm

Città: Paris, VIIème arrondissement


3847 Messaggi

Inserito il - 27 giugno 2012 : 22:14:37  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di 0barra1 Invia a 0barra1 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ho trovato questo:

In some bacterial mRNAs, translation between adjacent cistrons is directly linked, because ribosomes gain access to the initiation codon of the second cistron as they complete translation of the first cistron. This effect requires the space between the two coding regions to be small. It may depend on the high local density of ribosomes; or the juxtaposition of termination and initiation sites could allow some of the usual intercistronic events to be bypassed. A ribosome physically spans ~30 bases of mRNA, so that it could simultaneously contact a termination codon and the next initiation site if they are separated by only a few bases.

Leggiti tutto il link, perché non è del tutto chiaro: http://bioscience.jbpub.com/cells/MBIO267.aspx
La sequenza di SD potrebbe esser utile per identificare il successivo START codon qualora STOP e START codon non siano proprio adiacenti. Dispiace che non sia la risposta definitiva che cercavi

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greygc
Utente Junior



160 Messaggi

Inserito il - 27 giugno 2012 : 22:33:13  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di greygc Invia a greygc un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ho letto e penso che la risposta ad una domanda generica sia la tua. nel senso 3 stop e una shine dalgarno. perchè generalmente sono vicini
Citazione:
Messaggio inserito da 0barra1

Ho trovato questo:

In some bacterial mRNAs, translation between adjacent cistrons is directly linked, because ribosomes gain access to the initiation codon of the second cistron as they complete translation of the first cistron. This effect requires the space between the two coding regions to be small. It may depend on the high local density of ribosomes; or the juxtaposition of termination and initiation sites could allow some of the usual intercistronic events to be bypassed. A ribosome physically spans ~30 bases of mRNA, so that it could simultaneously contact a termination codon and the next initiation site if they are separated by only a few bases.

Leggiti tutto il link, perché non è del tutto chiaro: http://bioscience.jbpub.com/cells/MBIO267.aspx
La sequenza di SD potrebbe esser utile per identificare il successivo START codon qualora STOP e START codon non siano proprio adiacenti. Dispiace che non sia la risposta definitiva che cercavi

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SpemannOrganizer
Utente

Spemann

Città: Los Angeles


955 Messaggi

Inserito il - 27 giugno 2012 : 22:52:59  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di SpemannOrganizer Invia a SpemannOrganizer un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
io avrei detto tendenzialmente tre shine dalgarno e tre stop. Il fatto che la SD possa essere bypassata quando i cistroni sono particolarmente vicini non mi pare sia la regola, comunque posso controllare sul Lewin.

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greygc
Utente Junior



160 Messaggi

Inserito il - 27 giugno 2012 : 22:55:39  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di greygc Invia a greygc un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da SpemannOrganizer

io avrei detto tendenzialmente tre shine dalgarno e tre stop. Il fatto che la SD possa essere bypassata quando i cistroni sono particolarmente vicini non mi pare sia la regola, comunque posso controllare sul Lewin.


se controlli mi fai un gran favore :) io ho controllato sui miei ma non c'è
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greygc
Utente Junior



160 Messaggi

Inserito il - 27 giugno 2012 : 23:01:55  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di greygc Invia a greygc un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
http://www.biology-online.org/biology-forum/about14680.html?p=104839&hilit=Shine+dalgarno+sequence#p104839 da qua mi sembra che la regola sia tre shine dalgarno 3 stop e l'eccezione 1 shine dalgarno e 3 stop. prova a vedere se tu cogli lo stesso per favore

Citazione:
Messaggio inserito da 0barra1

Ho trovato questo:

In some bacterial mRNAs, translation between adjacent cistrons is directly linked, because ribosomes gain access to the initiation codon of the second cistron as they complete translation of the first cistron. This effect requires the space between the two coding regions to be small. It may depend on the high local density of ribosomes; or the juxtaposition of termination and initiation sites could allow some of the usual intercistronic events to be bypassed. A ribosome physically spans ~30 bases of mRNA, so that it could simultaneously contact a termination codon and the next initiation site if they are separated by only a few bases.

Leggiti tutto il link, perché non è del tutto chiaro: http://bioscience.jbpub.com/cells/MBIO267.aspx
La sequenza di SD potrebbe esser utile per identificare il successivo START codon qualora STOP e START codon non siano proprio adiacenti. Dispiace che non sia la risposta definitiva che cercavi

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SpemannOrganizer
Utente

Spemann

Città: Los Angeles


955 Messaggi

Inserito il - 27 giugno 2012 : 23:16:59  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di SpemannOrganizer Invia a SpemannOrganizer un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
sul lewin IX trovo: (pag 162)
when the mRNA is polycistronic, each coding region starts with a ribosome-binding site.
Non credo poi che questa sia una regola assoluta, in Biologia di assoluto non c'è nulla.


O.T.: mia figlia di 3 anni mi ha appena chiesto se può "leggere" il lewin :), avendolo scambiato per un libro di favole che tenerezza è già una biologa in erba :)

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roberta.s
Utente Junior

yeast

Città: Parigi


564 Messaggi

Inserito il - 27 giugno 2012 : 23:42:31  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di roberta.s Invia a roberta.s un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da SpemannOrganizer

sul lewin IX trovo: (pag 162)
when the mRNA is polycistronic, each coding region starts with a ribosome-binding site.
Non credo poi che questa sia una regola assoluta, in Biologia di assoluto non c'è nulla.


O.T.: mia figlia di 3 anni mi ha appena chiesto se può "leggere" il lewin :), avendolo scambiato per un libro di favole che tenerezza è già una biologa in erba :)


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0barra1
Utente Senior

Monkey's facepalm

Città: Paris, VIIème arrondissement


3847 Messaggi

Inserito il - 28 giugno 2012 : 00:17:04  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di 0barra1 Invia a 0barra1 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Occhei, ho imparato qualcosa di nuovo.
Grazie.

PS: dai spemann, dacci la prima premio nobel di MOLAB

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