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AntonioSillo
Nuovo Arrivato
61 Messaggi |
 Inserito il - 27 ottobre 2012 : 19:46:51
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Salve ragazzi,
non mi è molto chiaro come si può dedurre la struttura primaria di una proteina a partire dalla sequenza oligonucleotidica codificante su un gene. o meglio non mi è chiaro il fatto che di una sequenza oligonucleotidica vi sono più chiavi di lettura, e vorrei, se possibile avere più informazioni sui software di deconvoluzione utilizzati. perfavore, sono un chimico, quindi ho molte lacune in questi argomenti, sto cercando via via di colmarle. grazie mille per il vostro aiuto
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 28 ottobre 2012 : 09:57:56
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Ciao Antonio,
la traduzione delle sequenze nucleotidiche si basa essenzialmente sulla suddivisione della stessa in codoni, che sono gli elementi base per la gestione della degenerazione del codice (v. anche http://it.wikipedia.org/wiki/Codone).
Per quanti riguarda gli algoritmi di traduzione quelli più semplici normalmente prendono in input una sequenza nucleotidica e la scansiscono inizialmente per cercare i codoni di inizio. Trovati questi è possibile definire il frame di lettura.
A questo punto il porgramma procede con una traduzione vera e propria, passando alla rassegna la sequenza usando una finestra mobile di tre lettere (la dimensione, appunto di un codone). In termini informatici, non ci sono particolari tecniche di "deconvoluzione", basta creare un hash table in cui associ ad ogni possibile stringa di tre caratteri la lettera dell'amminoacido codificato. Se usi un linguaggio di programmazione orientato alla gestione delle stringhe come Perl, lo script è veramente banale.
Quando l'algoritmo raggiunge un codone di stop si ferma restituendo la sequenza.
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http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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AntonioSillo
Nuovo Arrivato
61 Messaggi |
Inserito il - 28 ottobre 2012 : 12:04:56
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| grazie mille! |
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Predizione della struttura primaria di una proteina
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