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 Normalizzazione dei dati di un microarray
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Tag   microarray    normalizzazione  Aggiungi Tag

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DaniBio89
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6 Messaggi

Inserito il - 13 ottobre 2013 : 11:12:16  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di DaniBio89 Invia a DaniBio89 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Salve a tutti. Mi servirebbe un chiarimento riguardo alla normalizzazione statistica dei dati di un microarray.
Quale è il motivo statistico per cui i dati (espressione di uno spot) di un "campione" (inteso come insieme di spot) vengono normalizzati se ad ognuno di essi si sottrae il valore mediano?

chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 13 ottobre 2013 : 11:54:48  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
C'è un enorme quantità di letteratura (che conosco solo molto superficialmente) a riguardo.

L'idea è che si normalizza per evitare di considerare differenze dovute all'efficienza di ibridazione, a come è stato fatto il chip etc. come reali differenze di espressione.

Questa review spiega bene il concetto (se hai problemi ad accedere al testo integrale mandami pure un MP)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12454644

In particolare dicono:

Citazione:
Typically, the first transformation applied to expression data, referred to as normalization, adjusts the individual hybridization intensities to balance them appropriately so that meaningful biological comparisons can be made. There are a number of reasons why data must be normalized, including unequal quantities of starting RNA, differences in labeling or detection efficiencies between the fluorescent dyes used, and systematic biases in the measured expression levels. Conceptually, normalization is similar to adjusting expression levels measured by northern analysis or quantitative reverse transcription PCR (RT-PCR) relative to the expression of one or more reference genes whose levels are assumed to be constant between samples.

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