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Ceratophrys
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2 Messaggi

Inserito il - 13 ottobre 2013 : 21:57:39

cari colleghi,
io sto per approcciarmi all'analisi bioinformatica e devo fare in modo p� o meno faidate.
Il mio problema � che ho dei dati di espressione di microarray di tutta una serie di geni e dovrei cercare di classificarli magari in base ai ruoli biologici (es: trascrizione, trasduzione del segnale, metabolismo etc)
Avete consigli o suggerimenti al riguardo?

Grazie 1000

chick80
Moderatore

Citt�: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 14 ottobre 2013 : 07:48:35

Un possibile approccio � quello di utilizzare Gene Ontology.

Non � esattamente il mio campo, quindi magari qualcuno di pi� esperto potr� darti indicazioni pi� precise... ma ad es. una veloce ricerca in Google per "GO clustering" mi ha fatto trovare questo:

http://www.gitools.org/

Ribadisco, non so se funzioni bene, non so se ci siano programmi standard per fare questo tipo di analisi etc., ma pu� essere un buon punto di partenza

Oppure, se sai usare R ci sono dei pacchetti in bioconductor che sono fatti apposta, ad es topGO:

http://www.bioconductor.org/packages/2.12/bioc/vignettes/topGO/inst/doc/topGO.pdf

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