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_starry_
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 Inserito il - 02 marzo 2014 : 11:41:54
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ciao a tutti!!
mi sto preparando per l'esame di bioinformatica e vorrei chiedervi un aiutino...
ho qualche problema con questa domanda:
"si ricerchi manualmente la topologia e la si confronti con quella ricavata da www.ebi.ac.uk"
la sequenza aminoacidica della proteina in formato FASTA è questa:
>1B4W:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
HLLQFRKMIKKMTGKEPVVSYAFYGCYCGSGGRGKPKDATDRCCFVHDCCYEKVTGCDPKWDDYTYSWKNGTIVCGGDDP
CKKEVCECDKAAAICFRDNLKTYKKRYMAYPDILCSSKSEKC
come devo muovermi?
grazie 
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_starry_
Nuovo Arrivato
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Inserito il - 02 marzo 2014 : 11:53:05
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PS:
io ho provato facendo così
1) ho utilizzato TopPred e ho ottenuto un grafico che mi ha fatto capire che è una proteina quasi del tutto idrofilica
2) ho cercato la topologia sul sito ebi.ac.uk/tools utilizzando phobius che come risultato mi dice che la prot è citoplasmatica...e mi mostra un grafico che però non riesco a capire per bene...magari qualcuno me lo può spiegare?
a questo link trovate i grafici di cui vi parlavo: http://imageshack.com/a/img691/304/eij3.jpg |
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kORdA
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1303 Messaggi |
 Inserito il - 02 marzo 2014 : 14:48:27
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Mai usato questi tool, comunque il grafico ti mostra la probabilita', per residuo, delle caratteristiche funzionali della sequenza.
Il tuo approccio è decisamente interessante se non si sapesse nulla della sequenza. Pero' in questo caso, scusa se te lo dico, e' un filo inutile. Se leggi attentamente nell'header del fasta ti accorgeresti che la struttura e' gia' depositata sul Protein Data Bank.
Se poi vuoi fare il brillante potresti rispondere che non ci sta nulla da confrontare visto che l'EBI ha una banca dati chiamata PDBSum che integra i dati gia' presenti su RCSB. |
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_starry_
Nuovo Arrivato
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Inserito il - 02 marzo 2014 : 14:51:46
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non voglio fare la brillante! XD
semplicemente sto svolgendo a casa una simulazione della prova scritta dell'esame. Il prof fornisce un codice di una proteina e poi fa un elenco di quesiti a cui rispondere...e uno di quelli è proprio la domanda che avevo scritto prima..
Lo so anche io che la topologia è già stata scritta su qualche banca dati da qualcuno, però purtroppo vuole che la ricavi io  |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
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Inserito il - 02 marzo 2014 : 15:03:06
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Non era mia intenzione offendere...
Pero' la domanda specifica chiede di ricavare manualmente la topologia*, non specifica un metodo particolare.
Io forse saro' pigro ma, sfruttando le informazioni fornitemi, tendo sempre a cercare la strada piu' breve/semplice alla soluzione. Anche cercare informazioni su un dato gia' annotato mi sembra una risposta adeguata.
*: poi qualcuno mi dovra' spiegare cosa significa "si ricerchi manualmente la topologia..."  |
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kORdA
Utente Attivo
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_starry_
Nuovo Arrivato
16 Messaggi |
Inserito il - 02 marzo 2014 : 15:05:33
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no no figurati! non mi sono offesa
effettivamente non so nemmeno io che significa manualmente XD forse intende che non devo prendere l'informazione bella e pronta scritta sul sito pdb ad esempio...ma che usi qualcosa per ricavarla...però è solo una mia ipotesi
tu come interpreteresti quei due grafici? |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
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Inserito il - 02 marzo 2014 : 15:11:56
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Tanto per fare un esempio, se la proteina e' gia' stata depositata su PDB e' quasi certo che sia una proteina/porzione di proteina citosolica, molto piu' che predirla a priori.
In seconda battuta nel file PDB e' gia' annotato se c'e' un peptide segnale. |
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_starry_
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Inserito il - 02 marzo 2014 : 15:13:15
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| quindi a questa domanda non c'è risposta? posso dire che è già scritto? |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
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Inserito il - 02 marzo 2014 : 15:17:12
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Se poi vuoi limitarti ai grafici:
- quello di phobius conferma che abbiamo a che fare con una proteina citosolica
- i picchi regolari sul profilo di idrofobicita' suggerisce l'esistenza della presenza di una o piu' strutture secondarie che presentano un lato idrofobico probabilmente rivolto verso il core interno della proteina. |
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_starry_
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Inserito il - 02 marzo 2014 : 15:24:40
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| ti ringrazio! posso chiederti un'altra cosa riguardante un'altra domanda dello stesso esame e con stessa proteina? |
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_starry_
Nuovo Arrivato
16 Messaggi |
Inserito il - 02 marzo 2014 : 15:28:32
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nella domanda successiva mi viene chiesto di valutare il profilo di idrofobicità utilizzando una scala opportuna (io ho scelto quella di Kyte & doolittle) e di confrontare il risultato ottenuto con una rappresentazione 3D della struttura della proteina.
Dal profilo di idrofobicità ho ottenuto la maggior parte dei picchi negativi, con qualche picco positivo.
Ho confrontato ciò con la rappresentazione 3D (ho utilizzato SwissPDBViewer) e ho visto che nella maggior parte dei casi i picchi negativi corrispondono ad alpha eliche.
quindi nella risposta ho scritto brevemente ciò. Secondo te va bene? |
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