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AccettoreQ
Nuovo Arrivato

Matteo
Prov.: Reggio nell'Emilia
Città: Reggio Emilia


57 Messaggi

Inserito il - 09 ottobre 2014 : 18:03:21  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di AccettoreQ Invia a AccettoreQ un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Salve a tutti,
ponendo come base che gli enzimi di restrizione sono proteine attivate dal punto di vista chimico avrei alcune domande riguardanti il loro funzionamento e relative applicazioni.
Gli enzimi di restrizione tagliano il DNA in una sequenza specifica (Es. EcoRI ricinosce i filamenti GAATTC e taglia tra G e A), se questa sequenza è ripetuta piú volte nello stesso filemento gli enzimi effettuano a loro volta piú tagli?
Per quanto riguarda gli utilizzi questi enzimi vengono coinvolti principalmente nelle tecniche del DNA ricombinante e nella diagnosi di polimorfismi. A riguardo di questo secondo impiego vorrei delle delucidazioni.
I polimorfismi sono delle mutazioni? Perché un enzima dovrebbe riuscire a diagnosticare una mutazione a livello di nucleotidi (intendo se non sarebbe piú facile eseguire un sequenziamento)? Rientra all'interno di questa applicazione la RFLP?

Spero di essere stato abbastanza chiaro, scusatemi ma sto studiando questi argomenti a livello di scuole superiori e alcuni aspetti non li capisco molto bene.


"Non esiste un gene per il destino"
dal film "Gattaca. La porta dell'universo"

GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8408 Messaggi

Inserito il - 09 ottobre 2014 : 19:13:35  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da AccettoreQ

Gli enzimi di restrizione tagliano il DNA in una sequenza specifica (Es. EcoRI ricinosce i filamenti la sequenza GAATTC e taglia tra G e A)

Citazione:

se questa sequenza è ripetuta piú volte nello stesso filemento gli enzimi effettuano a loro volta piú tagli?

Sì!

Citazione:
I polimorfismi sono delle mutazioni?

No! Ti ricordi di quando abbiamo parlato degli alleli?
Giusto per ripetere la definizione corretta: "gli alleli sono varianti dello stesso gene"
Un gene può avere più varianti alleliche e quindi si dice che è "polimorfico" (poli = tanti, morfi = "forme").
Attenzione che però in genetica esiste una definizione rigorosissima di polimorfismo, un polimorfismo può essere definito tale solo se la variante allelica meno frequente è presente in almeno l'1% della popolazione, altrimenti non puoi parlare di polimorfismo ma si tratta di mutazione.
Quindi per fare un esempio pratico se hai questa sequenza:
ACGTGCCAGTCA
questa altra sequenza:
ACGCGCCAGTCA

sarà un polimorfismo se è presente nell'1% della popolazione.

Tornando agli enzimi di restrizione, senza stare a fare troppe digressioni sui polimorfismi...
Citazione:
Rientra all'interno di questa applicazione la RFLP?

Sì esatto c'entrano gli RFLP!
Come hai detto la sequenza di riconoscimento di EcoRI è: GAATTC
ora poni di avere questa sequenza all'interno del gene X che ti interessa e poni che esista un polimorfismo per cui alcuni individui avranno la sequenza "normale" GAATTC e altri invece hanno la sequenza "mutata" GAACTC. Nel secondo gruppo di individui la sequenza per l'enzima di restrizione è alterata quindi l'enzima non potrà tagliare in quel punto.
Quindi in sostanza usando quell'enzima di restrizione puoi valutare quale delle due sequenze è presente nell'individuo in esame.

Ora ovviamente sapere che in un individuo l'enzima taglierà in quella posizione e in un altro no, di per sé non ti interessa niente. La cosa importante dei marcatori, come ad es. gli RFLP è che sono un utile strumento per andare a valutare qualcosa che ti interessa, come la possibilità di sviluppare una determinata malattia.
Poi che quella "C" al posto della "T" nella sequenza di quel gene sia anche implicata nella possibilità di sviluppare la malattia X.
Andando a fare un analisi di questo tipo, dove di fatto tu non fai altro che vedere se l'enzima taglia o no, puoi andare a vedere se la persona è a rischio di sviluppare la malattia.

Ho cercato di spiegarti la cosa abbastanza semplicemente, senza scendere troppo nei dettagli perchè non so fino a che punto abbiate approfondito questi argomenti. Spero comunque che sia abbastanza chiaro, altrimenti facci sapere se hai altri dubbi.

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AccettoreQ
Nuovo Arrivato

Matteo

Prov.: Reggio nell'Emilia
Città: Reggio Emilia


57 Messaggi

Inserito il - 21 ottobre 2014 : 21:23:33  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di AccettoreQ Invia a AccettoreQ un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da GFPina

Citazione:
Messaggio inserito da AccettoreQ

Gli enzimi di restrizione tagliano il DNA in una sequenza specifica (Es. EcoRI ricinosce i filamenti la sequenza GAATTC e taglia tra G e A)

Citazione:

se questa sequenza è ripetuta piú volte nello stesso filemento gli enzimi effettuano a loro volta piú tagli?

Sì!

Citazione:
I polimorfismi sono delle mutazioni?

No! Ti ricordi di quando abbiamo parlato degli alleli?
Giusto per ripetere la definizione corretta: "gli alleli sono varianti dello stesso gene"
Un gene può avere più varianti alleliche e quindi si dice che è "polimorfico" (poli = tanti, morfi = "forme").
Attenzione che però in genetica esiste una definizione rigorosissima di polimorfismo, un polimorfismo può essere definito tale solo se la variante allelica meno frequente è presente in almeno l'1% della popolazione, altrimenti non puoi parlare di polimorfismo ma si tratta di mutazione.
Quindi per fare un esempio pratico se hai questa sequenza:
ACGTGCCAGTCA
questa altra sequenza:
ACGCGCCAGTCA

sarà un polimorfismo se è presente nell'1% della popolazione.

Tornando agli enzimi di restrizione, senza stare a fare troppe digressioni sui polimorfismi...
Citazione:
Rientra all'interno di questa applicazione la RFLP?

Sì esatto c'entrano gli RFLP!
Come hai detto la sequenza di riconoscimento di EcoRI è: GAATTC
ora poni di avere questa sequenza all'interno del gene X che ti interessa e poni che esista un polimorfismo per cui alcuni individui avranno la sequenza "normale" GAATTC e altri invece hanno la sequenza "mutata" GAACTC. Nel secondo gruppo di individui la sequenza per l'enzima di restrizione è alterata quindi l'enzima non potrà tagliare in quel punto.
Quindi in sostanza usando quell'enzima di restrizione puoi valutare quale delle due sequenze è presente nell'individuo in esame.

Ora ovviamente sapere che in un individuo l'enzima taglierà in quella posizione e in un altro no, di per sé non ti interessa niente. La cosa importante dei marcatori, come ad es. gli RFLP è che sono un utile strumento per andare a valutare qualcosa che ti interessa, come la possibilità di sviluppare una determinata malattia.
Poi che quella "C" al posto della "T" nella sequenza di quel gene sia anche implicata nella possibilità di sviluppare la malattia X.
Andando a fare un analisi di questo tipo, dove di fatto tu non fai altro che vedere se l'enzima taglia o no, puoi andare a vedere se la persona è a rischio di sviluppare la malattia.

Ho cercato di spiegarti la cosa abbastanza semplicemente, senza scendere troppo nei dettagli perchè non so fino a che punto abbiate approfondito questi argomenti. Spero comunque che sia abbastanza chiaro, altrimenti facci sapere se hai altri dubbi.





Sì, grazie mi è tutto molto chiaro.
Ora non vorrei chiedere troppo, però il concetto di polimorfismo mi sembra astratto (ho capito cosa intende dal punto di vista scientifico), qualcuno conosce degli esempi presenti in natura?


"Non esiste un gene per il destino"
dal film "Gattaca. La porta dell'universo"
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midichloria
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75 Messaggi

Inserito il - 22 ottobre 2014 : 15:18:06  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di midichloria Invia a midichloria un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Per esempio la mutazione che causa l'anemia falciforme é un polimorfismo... C'é una sostituzione di un singolo nucleotide, trasformando la tripletta GAG (glutammato) in GTG (valina). Questa semplice sostituzione causa una diversa configurazione della catena b dell'emoglobina, causando l'anemia falciforme.
Dato che questa mutazione é presente nella popolazione con una frequenza superiore all'1%, viene definita un polimorfismo.
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