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danda85
Nuovo Arrivato
5 Messaggi |
 Inserito il - 20 aprile 2015 : 15:00:16
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Ciao a tutti! Avrei bisogno di un'anima pia che mi dia un consiglio, un aiuto, un qualcosa che mi possa illuminare sull'elaborazione statistica di alcuni dati della mia tesi.
Illustro in maniera "striminzita" il problema: durante il mio lavoro di tesi ho effettuato su 5 batteri diversi due tipi di prove:
1) test di fertilità: di ogni microrganismo ho seminato aliquote di 100microlitri su 5 differenti terreni, dopo l'incubazione ho contato le colonie e sono risalita al titolo della soluzione madre.
2)prove di stress: di ogni microrganismo ho seminato aliquote di 100microlitri dopo aver aggiunto alla sospensione una certa quantità di disinfettante. Dopo l'incubazione ho contato le colonie cresciute e, anche in questo caso, sono risalita al titolo della sospensione madre.
Ora, ciò è che mi è stato chiesto è di confrontare i risultati delle due prove ed effettuare l'analisi statistica tramite ANOVA.
Il problema è che io non so proprio dove buttare le mani...
Per esempio: il microrganismo A non stressato aveva un titolo di 1,37x10alla9. Dopo lo stress aveva un titolo di 1,37x10alla8.
Come faccio l'ANOVA in questo caso?
Non so se sono riuscita a spiegarmi   
Spero che qualcuno sia mosso a compassione e mi risponda 
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
 Inserito il - 20 aprile 2015 : 23:21:38
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Scusa, ma la persona che ti ha chiesto di fare l'analisi non può insegnarti???
Ad ogni modo, l'idea è di guardare come il titolo varia in seguito allo stress.
In questo caso hai bisogno di un two-way ANOVA, dove i due fattori che influenzano il titolo sono lo stress e il tipo di batterio.
Hai un software specifico che usi per l'analisi statistica (io sono fortemente biased per l'utilizzo di R con RStudio)?
Consiglio fortemente in ogni caso la lettura di:
http://www.dsa.unipr.it/soliani/soliani.html |
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danda85
Nuovo Arrivato
5 Messaggi |
 Inserito il - 21 aprile 2015 : 00:18:41
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 Scritto da MolecularLab Mobile
Grazie innanzitutto per la risposta.
Il mio "relatore" non mi ha seguita durante il tirocinio, figuriamoci per la tesi! Dopo 15 giorni,5 mail e nessuna risposta ho steso parte della tesi da sola, ma arrivata a questo punto dell'analisi statistica mi sono bloccata.
Ho anch'io il Soliani ma trovo comunque difficoltà date le mie scarse conoscenze della materia.
Anch'io uso R per quel poco che so fare...
Comunque grazie mille, sicuramente domani saprò almeno da dove iniziare ;)
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 21 aprile 2015 : 01:42:05
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Guarda, premesso che ti consiglio di studiarti con calma come funzionano l'ANOVA e i modelli lineari in genere, se usi R essenzialmente quello che puoi fare è:
1) mettere i dati in un file di testo in questo formato:
densita, specie, stress
1000, Specie1, N
1400, Specie1, N
1300, Specie1, N
500, Specie1, Y
800, Specie1, Y
200, Specie1, Y
1800, Specie2, N
1400, Specie2, N
1900, Specie2, N
300, Specie2, Y
400, Specie2, Y
100, Specie2, Y
...
...
2) Leggi i dati in R usando densita <- read.csv("file.csv")
3) Usi la funzione aov per calcolare l'ANOVA
av <- aov(dens~specie*stress, densita)
Dove dens, specie e stress sono i nomi delle colonne nel tuo file e densita è il nome della variabile in cui hai caricato i dati con read.csv
Il primo parametro di aov è una formula (per maggiori info leggi la pagina di help scrivendo ?formula)
Essenzialmente a sinistra di ~ metti il parametro che stai misurando, in questo caso la densità e a destra metti i descrittori, ossia i fattori che influenzano il tuo parametro (specie e stress)
I descrittori possono essere considerati separatamente combinandoli con un + o insieme, ossia valutandone anche l'interazione, usando il *
4) Per vedere il risultato di aov (che hai salvato nella variabile av) fai:
summary(av)
Ho creato una tabella fittizia ed ottengo:
> > summary(av)
Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
specie 2 85.0 42.5 2.213 0.1312
stress 1 433.4 433.4 22.575 7.81e-05 ***
specie:stress 2 148.9 74.5 3.879 0.0347 *
Residuals 24 460.8 19.2
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
In questo caso mi dice che c'è un effetto dello stress ma non della specie e che c'è anche un possibile effetto dell'interazione fra specie e stress (ad indicare che alcune specie potrebbero essere più sensibili allo stress di altre). La colonna Df riporta i gradi di libertà (degrees of freedom). Ad es. nei miei dati io ho considerato 3 specie, quindi 2 gradi di libertà.
Hai poi l'F-value dell'ANOVA ed il corrispondente p-value.
5) Se ora voglio fare dei confronti multipli posso usare il test di Tukey
TukeyHSD(av)
che ti darà come output tutti i vari confronti: tra le specie, tra stress e non stress e poi tra tutte le combinazioni specie/stress nel caso tu stia considerando le interazioni (ossia se hai usato il * nella formula dell'ANOVA).
Buona analisi!
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danda85
Nuovo Arrivato
5 Messaggi |
Inserito il - 21 aprile 2015 : 11:43:24
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Scritto da MolecularLab Mobile
Ora ho chiaro cosa devo fare. Grazie mille per la risposta è la disponibilità. Ieri è stamattina mi sono andata a guardare la parte di teoria dell'ANOVA e mi ha aiutata un po'.
Ho fatto come mi hai detto tu un file csv con i dati, il problema è che non me lo legge...faccio tutto come hai scritto tu ma esce una serie di messaggi:
Errore in file (file, "rt"): non posso aprire questa connessione.
Inoltre: warning message: In file (file,"rt"):
Cannot open file 'ANOVA.csv': no such file or directory.
Cosa ho sbagliato?! Non capisco :( |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 21 aprile 2015 : 12:07:35
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Probabilmente gli devi specificare la directory.
Hai 2 possibilità:
1) read.csv("c:\bla\ANOVA.csv")
2) Dici a R di posizionarsi nella directory di interesse con setwd e poi leggi il file
setwd("C:\xyz\abc\")
read.csv("ANOVA.csv")
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danda85
Nuovo Arrivato
5 Messaggi |
Inserito il - 21 aprile 2015 : 15:58:32
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| Ciao, ti ho inviato un messaggio privato! |
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