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 Homology modelling: come farlo?
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Gst
Utente Junior


Prov.: Roma
Cittā: Ariccia


143 Messaggi

Inserito il - 17 maggio 2007 : 11:56:51  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Gst Invia a Gst un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Salve ragazzi! spero possiate aiutarmi a risolvere un problema...č importante visto che riguarda la mia tesina della laurea triennale!!!

Avrei bisogno della figura del dominio Sh2 della proteina CSK (c-terminal Src kinase), ma le coordinate PDB nn sono depositate...quindi avevo pensato di fare homology moddeling, visto che sono invece depositate quelle di una proteina omologa a CSK, che č CHK (CSK homologous kinase)! come devo procedere? heeeeeeelp!

Mi č stato detto di prendere la figura del dominio della proteina omologa a CSK e scrivere nella didascalia di aver fatto Homology modelling....ma mi sembra troppo semplice! Sarebbe esatto??? magaaaari!

Grazie in anticipo...

Ascoltami con gli occhi...

Fil23
Utente Junior

gatto

Prov.: estero
Cittā: London


238 Messaggi

Inserito il - 17 maggio 2007 : 16:47:54  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Fil23  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di Fil23 Invia a Fil23 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao,
Se vuoi fare il modello per omologia nella sezione protocolli c'č un tutorial http://www.molecularlab.it/protocolli/protocol.asp?id=32

Cmq dai un occhio all'allineamento, perchč se la zona del dominio SH2 č molto conservata (come č logico pensare) molto probabilmente fai il modelling e alla fine ottieni una figura identica a quella della proteina CHK...quindi, se ti serve solo 1 figura, potresti evitarti tutto il modelling e mettere direttamente la figura dell'altra proteina.
ciao ciao
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