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Zanna
Nuovo Arrivato
Prov.: Lecco
33 Messaggi |
 Inserito il - 16 maggio 2005 : 10:29:44
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ciao a tutti, ciao riccardo.
Ho condotto ricerche con strumenti bionformatici solo su genomi e sequenze di DNA, pertanto non possiedo valide basi per un'analisi 3D proteica.
Sto lavorando su un dominio proteico, traG, capace di compiere legami specifici con sequenze consenso di DNA. Quello che abbiamo in mano è una serie di domini omologhi appartenenti ad un ampia gamma di batteri, per la maggior parte proteobatteri. Cito un membro d'eccellenza: Agrobacterium tumefaciens è in grado di legare specificamente il TDNA al sistema di secrezione grazie al dominio traG presente in una proteina di questo complesso. Quello su cui sto indagando è se esiste la possibilità, a partire dalla sequenza nucleotidica dell'intera proteina (contenente il dominio traG), di stimare con una buona accuratezza l'esatta sequenza nucleotidica riconosciuta dalla particolare variante del dominio in esame. In altre parole diversi batteri possiedono questo sistema di secrezione, ogni specie è in grado di riconoscere una sequenza nucleotidica differente sulla base della conformazione 3D e della composizione amminoacidica del dominio traG. Conoscendo la seq nucleotidica del dominio, e quindi quella proteica, posso risalire alla conformazione 3D della proteina? e all'affinità di legame di tale dominio? e più in particolare alla sequenza nucleotidica da esso riconosciuta?
ringrazio il gruppo in anticipo.
Buon lavoro.
Lele
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Fil23
Utente Junior
Prov.: estero
Città: London
238 Messaggi |
Inserito il - 16 maggio 2005 : 13:14:12
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Ciao!
L'argomento è piuttosto complesso e io son in grado di risponderti solo in parte!
Se tu hai 1 seq proteica puoi conoscere la struttura.....o meglio puoi fare 1 predizione di struttura secondaria e terziaria....ci sono software abastanza complessi che fanno predizioni tenendo conto di vari fattori....cmq le predizioni di stuttura le puoi fare anche tramite expasy.
Esistono poi software in cui caricando file in formato pdb puoi fare il "doking" (credo si scriva così) delle proteine e acidi nucleici.....cioè tramite calcoli di dinamica molecolare valutano quale interazione fra i 2 file caricati è + stabile...però su questo argomento non ne so molto ed è probabile che ci siano metodi + semplici per valutare l'affinità del legame. Per quanto riguarda la sequenza riconosciuta nn saprei cosa dirti....ci sono programmi in expasy che data 1 sequenza proteica controllano se questa è una sequenza conservata che ha interazioni particolari....ma nn credo sia ciò di cui hai bisogno....
!!nn so quanto ti son stato d'aiuto!!
ciao ciao  |
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Ra1D
Utente Junior
Prov.: Bergamo
Città: Treviglio
174 Messaggi |
Inserito il - 16 maggio 2005 : 18:17:10
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Allora...se ho capito bene quello che ti serve è identificare la sequenza nucleotidica che viene + probabilmente riconosciuta dal tuo specifico dominio traG. Non è una missione impossibile, ma è sicuramente lungo e laborioso! :)
Innanzi tutto dovresti verificare se è presente una struttura 3D della tua proteina in banca dati (un file pdb x intenderci). Se questa non è presente, ci sono dei programmi di predizione che a partire dalla sequenza amminoacidica ti permettono di ricostruire la struttura 3D...cosa però non semplicissima.
Mettiamo che hai il file pdb, di conseguenza puoi vedere il modello 3D della tua proteina (e quindi anke il dominio traG che lega il dna) con qualsiasi programma di visualizzazione (Swiss Prot pdb-viewer per esempio).
Ora sulla base dei dati sperimentali, suppongo voi abbiate una sequenza consensus che viene riconosciuta, da cui potete partire...
Partendo da questa dovreste però crearvi una banca di segmenti di nucleotidi, + o - simili a quella sequenza consenso, quindi valutarne l'affinità di legame alla vostra proteina facendo docking molecolare di ognuno di essi con il dominio traG, e quindi trovare quale si lega meglio.
Il procedimento è sicuramente molto lungo, sia il creare tutti i possibili dna che vengano riconosciuti, sia fare docking vero e proprio. Inoltre i programmi di docking non sono free, anche per uso accademico è necessaria una licenza....
Nel vostro caso però, non riuscite a purificare la proteina con il dna legato, e quindi sequenziarlo?
Ciao
Simo |
...e vicinissimo al mio sapere si accampa la tenebra della mia ignoranza... |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 16 maggio 2005 : 22:49:59
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Per quanto riguarda la predizione della struttura 3D, la cosa non è molto semplice.
In realtà si può fare la predizione, ottenendo però una serie di strutture possibili, per cui poi dovresti andare a fare il docking su ciascuna di queste.
Anche avendo il pdb la cosa non è tanto differente, in quanto il pdb deriva solitamente da un analisi cristallografica della proteina e quindi non è sempre del tutto fedele alla situazione biologica (la proteina nel cristallo non è immersa in acqua e il processo di cristallizzazione può portare a modifiche della struttura proteica).
Forse un approccio pratico sarebbe più efficace in questo caso.
Ciao
nICO
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Zanna
Nuovo Arrivato
Prov.: Lecco
33 Messaggi |
Inserito il - 18 maggio 2005 : 10:46:40
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vi ringrazio per le pronte e competenti risposte.
Ho ottenuto il pdb della nostra proteina, ora sto configurando il programma per eseguire il docking. Se a qualcuno interessasse ho scoperto che esistono almeno 2 progammi di docking, free e per win: DIMM e HEX (quest'ultimo con interfaccia grafica).
Ra1D, generare la banca di sequenze nucleotidiche non è un problema (in Perl posso generare seq con caratteristiche defite dall'utente e sottoporle ad HEX), i problemi sono almeno 2: non c'è alcuna seq consenso in letteratura e immagino che il tempo di calcolo si possa misurare in mesi. Era un'informazione che ho omesso nella domanda, altrimenti sarei stato della tua medesima opinione.
Questa invece è una domanda che non vuole pretendere una risposta:
una proteina può essere in grado di discriminare sequenze nucleotidiche che differiscono anche per poche sostituzioni?
Good luck with your projects
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 18 maggio 2005 : 18:22:19
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Citazione:
una proteina può essere in grado di discriminare sequenze nucleotidiche che differiscono anche per poche sostituzioni?
Direi certamente di sì, visto che questo in un certo senso è alla base della trascrizione!
Di solito le sequenze consenso sul dna sono costituite da un "core" fisso necessario x il riconoscimento (bastano anche 4 bp) e poi un intorno più o meno largo che può distaccarsi dalla sequenza "standard".
Questo permette ad es. di modulare la trascrizione genica: considera un fattore di trascrizione che riconosca una certa sequenza (core + intorno); se il gene A ha la sequenza 'standard', il gene B ha l'intorno un po' diverso dallo standard, mentre il gene C ha l'intorno totalmente diverso, A sarà trascritto + di B che sarà trascritto + di C perchè l'affinità del fattore di trascrizione cambia. Conta che in genere le sequenze consenso non sono lunghe, diciamo tra le 5 e le 15 paia di basi, quindi anche solo una sostituzione può determinare l'affinità.
nICO |
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predizione di affinità di legame
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