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ili
Nuovo Arrivato
Prov.: Pistoia
Città: borgo a buggiano
9 Messaggi |
 Inserito il - 08 dicembre 2007 : 13:04:32
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altro quesito.......
Dopo un sequenziamento ho identificato 59 siti polimorfici
Come posso capire se sono nuovi oppure polimorfismi già noti attraverso quali strategie?
smack 
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ilaria lucarelli |
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Arf
Nuovo Arrivato
31 Messaggi |
Inserito il - 08 dicembre 2007 : 13:52:19
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| Ciao ili, ti chiedo scusa per la banalità della risposta, probabilmente non ho capito il quesito, ma non basterebbe una ricerca in una banca dati specializzata? |
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ili
Nuovo Arrivato
Prov.: Pistoia
Città: borgo a buggiano
9 Messaggi |
Inserito il - 08 dicembre 2007 : 15:23:53
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anche io risponderei così ma appunto mi sembrava semplice e non ero sicura
se in due la pensiamo così è meglio
grazie
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ilaria lucarelli |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 08 dicembre 2007 : 16:57:33
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Si è semplice ma è così!!!
Entrez-SNP Home
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Arf
Nuovo Arrivato
31 Messaggi |
Inserito il - 08 dicembre 2007 : 18:24:04
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| ...il difficile è usare Entrez-SNP...mi sembra che occorra necessariamente un id per lo SNP che se è nuovo ancora non lo ha, se le variazioni causano un disturbo ti conviene passare prima per OMIM, cmq io mi sono trovato bene anche con ALFRED. |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 08 dicembre 2007 : 19:02:50
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Beh non è fatto benissimo... concordo
Comunque non è necessario l'id del polimorfismo, ma basta quello della tua sequenza!
Per visualizzare tutta la tabella dei polimorfismi o sai l'id della tua proteina e unsi questo link:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snp_ref.cgi?locusId=XXXX&chooseRs=all
(attenzione il link così non funziona: dove ho messo XXXX devi mettere l'id del gene!!!)
oppure una volta trovati i polimorfismi clicci su uno qualsiasi
e nella finestra che si apre, dove c'è GeneView
clicci su "all" se vuoi vedere la tabella con tutti gli SNP, su "cSNP" se vuoi vedere solo quelli codificanti...
nella tabella ci sono i "contig" riferiti alla sequenza genomica e quindi risali alla posizione!
Se il tuo gene è codificato sullo strand minus (come è capitato a me)... auguri!!!
Non c'è un criterio logico in cui sono inseriti gli SNP, a volte sono sul minus e a volte sul plus... |
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Arf
Nuovo Arrivato
31 Messaggi |
Inserito il - 08 dicembre 2007 : 22:19:41
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| GFPina quanto avrei voluto conoscerti un mese fa!! Anche se spero di non dover più avere a che fare con polimorfismi per almeno 6 mesi grazie della dritta, ne farò tesoro!! |
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polimorfismi
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