matrici di identità delle sequenze

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bartolomea
Nuovo Arrivato

2 Messaggi

Inserito il - 08 luglio 2009 : 15:34:11

qualcuno estremamente gentile, puo` spiegare ad una ignorante come diavolo si leggono le matrici di identita` delle sequenze allineate

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 09 luglio 2009 : 11:23:20

Una piccola precisazione: le matrici identitá sono un concetto di matematica, matrici in cui la diagonale é composta da 1 e il resto degli elementi é 0 (http://en.wikipedia.org/wiki/Identity_matrix).

Probabilmente ti riferivi alle matrici si similaritá come le PAM e le BLOSUM.
Queste sono matrici che ti danno una indicazione di quanto é probabile osservare una sostituzione tra due aminoacidi in un allineamento, e di quale punteggio attribuire ad ogni posizione di una allineamento per calcolare il punteggio totale.

Per esempio, prendiamo la matrice blosum da wikipedia:

questa ti dice che quando confronti due sequenze e, nella stessa posizione, incontri una Ala al posto di una Asn, devi aggiungere -2 al punteggio totale dell'allineamento.

Esempio di allineamento:


Ala-Asp-Ser-Thr
Asn-Asp-Gly-Thr

il punteggio totale di questo allineamento é -2 + 6 +0 + 11 = 15.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)

spago
Nuovo Arrivato

6 Messaggi

Inserito il - 10 maggio 2013 : 01:01:27

Buonasera,
Qualcuno sarebbe così gentile da dirmi se la matrice di identità è:
1)Il numero di identità (o somiglianze)tra membri di una famiglia di proteine.
2)Il numero di identità (o somiglianze) tra le sequenze.

Domattina, anzi, stamattina ho una prova di biochimica e mi è venuto il dubbio dell'ultimissima ora.
Grazie in anticipo a chi vorrà rispondermi.

chick80
Moderatore

Città: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 10 maggio 2013 : 08:03:14

Quoto la risposta di dallolio_gm:

Citazione:
Una piccola precisazione: le matrici identitá sono un concetto di matematica, matrici in cui la diagonale é composta da 1 e il resto degli elementi é 0 (http://en.wikipedia.org/wiki/Identity_matrix).

Probabilmente ti riferivi alle matrici si similaritá come le PAM e le BLOSUM.
Queste sono matrici che ti danno una indicazione di quanto é probabile osservare una sostituzione tra due aminoacidi in un allineamento, e di quale punteggio attribuire ad ogni posizione di una allineamento per calcolare il punteggio totale.

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