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Biovirus
Nuovo Arrivato



11 Messaggi

Inserito il - 28 marzo 2012 : 09:50:07  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Biovirus Invia a Biovirus un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao.
Qualcuno conosce un metodo/protocollo per concentrare RNA?
Grazie grazie

cami
Utente Junior

p

Città: roma


136 Messaggi

Inserito il - 28 marzo 2012 : 10:16:58  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di cami Invia a cami un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Potresti provare con isopropanolo 100%, incubazione di 10 min a RT, centrifuga per 15 minuti a 14000 rpm a +4°C, io l'ho fatto una volta e mi è venuto bene, però il campione era acquoso e, sebbene diluitissimo, la quantità di RNA era elevata, quindi alla fine ho avuto una buona resa, però non ti assicuro niente...

“Research is what I'm doing when I don't know what I'm doing”
Werner von Braun
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roberta.s
Utente Junior

yeast

Città: Parigi


564 Messaggi

Inserito il - 28 marzo 2012 : 11:37:23  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di roberta.s Invia a roberta.s un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Vacuum speed concentrator
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Biovirus
Nuovo Arrivato



11 Messaggi

Inserito il - 28 marzo 2012 : 11:40:02  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Biovirus Invia a Biovirus un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Scasami..mi puoi spiegare meglio cosa sia Vacuum speed concentrator?
grazie
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roberta.s
Utente Junior

yeast

Città: Parigi


564 Messaggi

Inserito il - 28 marzo 2012 : 11:43:54  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di roberta.s Invia a roberta.s un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ecco qui
http://www.che.iitb.ac.in/online/labfacility/vacuum-centrifugal-concentrator
è una centrifuga a vuoto: metti i tubi con il campione che vuoi concentrare e dopo risospendi il pellet (una sorta di) in meno solvente.
L'ho usato per DNA e RNA, vedi se puo' fare al caso tuo. Per l'RNA credo sia consigliato, ma per il DNA una normale precipitazione va bene.
ciao!
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Biovirus
Nuovo Arrivato



11 Messaggi

Inserito il - 28 marzo 2012 : 11:48:17  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Biovirus Invia a Biovirus un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie.
L'unico mio problema è che devo semplicemente fare una prova e non potrei quindi comprare addirittura uno strumento.

Qualcuno ha mai utilizzato le colonnine Amicon-ultra della Millipore?
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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8380 Messaggi

Inserito il - 28 marzo 2012 : 22:51:21  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da Biovirus

Qualcuno ha mai utilizzato le colonnine Amicon-ultra della Millipore?


Io le uso per le proteine, ma dovrebbero funzionare bene per DNA e RNA.
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Biovirus
Nuovo Arrivato



11 Messaggi

Inserito il - 03 aprile 2012 : 09:13:42  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Biovirus Invia a Biovirus un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Per GFPina:

solo per conoscenza..che protocollo usi?Intendo giri, tempi e temperatura di centrifugata?

Grazie Ciao
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0barra1
Utente Senior

Monkey's facepalm

Città: Paris, VIIème arrondissement


3847 Messaggi

Inserito il - 03 aprile 2012 : 10:05:00  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di 0barra1 Invia a 0barra1 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Io uso gli amplicon della millipore per concentrare proteine e solitamente seguo questo protocollo:

a) 500 uL di acqua, 3000 rpm, 10 mn, 4°C
b) 500 uL di tampone in cui si trova la mia proteina, 3000 rpm, 10 mn, 4°C
c) 2 mL del mio campione, 3000 rpm, 15 mn, 4°C,
d) controllo la presenza di eventuali aggregati precipitati, spipetto dolcemente prelevando dal fondo del filtro e rilasciando all'apice per risospendere la proteina,
e) controllo la OD e in base ad essa decido se e per quanto ripetere la procedura (dal punto c ovviamente)


NOTE:

- ovviamente si tratta di proteine, non di acidi nucleici;
- a te interessa la velocità di centrifugazione in g, dopo controllo e te la comunico;
- il tempo di centrifugazione dipende anche dal cut-off del filtro: mi pare di aver centrifugato 2 volte per 15 minuti per passare da un volume di 2 mL a 500 uL con un cut-off di 10 kDa per proteine globulari;
- altro non mi viene in mente

So, forget Jesus. The stars died so that you could be here today.
A Universe From Nothing, Lawrence Krauss

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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8380 Messaggi

Inserito il - 03 aprile 2012 : 19:41:39  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da Biovirus

Per GFPina:

solo per conoscenza..che protocollo usi?Intendo giri, tempi e temperatura di centrifugata?

Grazie Ciao


Il mio è in realtà un protocollo modificato perché o ha che fare con campioni rognosi, quindi ad es. non posso centrifugare a freddo perché ho urea nel campione che a freddo precipita... e vari altri problemi.
Comunque dipende anche da quale dispositivo utilizzi, ci sono di vari volumi e di vari cut-off e il protocollo viene specificato per ciascuno di essi.

Comunque per la concentrazione di RNA più che gli "amicon" sono meglio i "microcoon", in ogni caso qua trovi le informazioni sull'ultrafiltrazione con dispositivi millipore:Ultrafiltration (Millipore)
a pag. 63 c'è quello che interessa a te.

Ci sono poi anche altre ditte che fanno devicies per ultrafiltrazione, ad es. io (sempre per le proteine però) ho utilizzato anche i Vivaspin.
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