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 perchŔ la DNA polimerasi va in direzione 5'->3'????
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almita
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6 Messaggi

Inserito il - 28 giugno 2012 : 16:07:07  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di almita Invia a almita un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
a molti pu˛ sembrare una domanda banale ma io il perchŔ la DNA polimerasi va in direzione 5' ->3' non lo saprei :(

Geeko
Utente

Ctenophor1.0

CittÓ: Milano


1042 Messaggi

Inserito il - 28 giugno 2012 : 16:14:22  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Geeko Invia a Geeko un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
La risposta pi¨ semplice, e penso anche quella pi¨ giusta in questi casi, Ŕ semplicemente: "PerchÚ non pu˛ funzionare altrimenti"
Si tratta sempre di relazionare la struttura della "cosa" (in questo caso un enzima) alla sua funzione. Fondamentalmente per funzionare la polimerasi ha bisogno di un 3'-OH libero, gruppo funzionale che trova solo seguendo il verso 5'-3' (detto in maniera spicciola).
E' un enzima che si Ŕ evoluto cosý...magari poteva anche seguire altre strade o strategie di catalisi in un altro mondo


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Daria85
Utente

aplisia



678 Messaggi

Inserito il - 28 giugno 2012 : 16:15:45  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Daria85 Invia a Daria85 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
perkŔ sfrutta l'attacco chimico che il 5'PO4 pu˛ fare sul 3'OH con la liberazione di una molecola d'acqua. cosý facendo ci sarÓ nuovamente un 3'OH libero per l'attacco del 5'PO4 del secondo nucleotide. inoltre questo consente all enzima di saggiare anke a livello sterico la correttezza della sintesi del filamento, orientando la progressione sempre nella stessa direzione.
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Daria85
Utente

aplisia



678 Messaggi

Inserito il - 28 giugno 2012 : 16:17:07  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Daria85 Invia a Daria85 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
...si libera anke pirofosfato sorry...
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0barra1
Utente Senior

Monkey's facepalm

CittÓ: Paris, VIIŔme arrondissement


3847 Messaggi

Inserito il - 28 giugno 2012 : 16:32:11  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di 0barra1 Invia a 0barra1 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Sono pressochÚ sicuro che questa sia solo parte della ragione, pero' al momento non mi sovviene la parte mancante. E' un remoto ricordo di 5 anni fa, mi pare avesse a che fare con l'attivitÓ di proofreading. Riflettendoci un attimo ci si potrebbe pure arrivare credo, vediamo se trovo tempo e voglia...

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Gr÷n
Utente Junior



220 Messaggi

Inserito il - 28 giugno 2012 : 18:28:30  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Gr÷n Invia a Gr÷n un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Indubbiamente la motivazione principale Ŕ quella dell'attacco nucleofilo, che come insegna la Chimica Organica, parte da un sito elettron-ricco (ossigeno del 3'-OH) per colpire uno elettrofilo (il fosforo del gruppo fosfato al 5' dell'altro nucleotide).

Magari prova a disegnarla. E ricorda quali son i prodotti della reazione della polimerasi. Oltre allo strand elongato, che prodotto "di scarto" ottieni? PerchÚ Ŕ importante che ci sia questo prodotto di scarto?

_

Son scettico circa il proofreading, concettualmente potrebbe filare il ragionamento del "se la polimerasi sintetizza in avanti, il proofreading va all'indietro" - la prima 5'->3', il secondo 3'->5'.

Per˛ la Dna Pol I procariotica ha duplice direzionalitÓ esonucleasica, eppure l'attivitÓ polimerasica Ŕ sempre la solita, unica e sola 5'->3'.

_

Se vi sovviene qualcosa d'altro in mente, fatemi sapere che son curioso.
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Dr Lopez
Utente Junior

Phil



141 Messaggi

Inserito il - 28 giugno 2012 : 18:44:33  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Dr Lopez Invia a Dr Lopez un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
La motivazione Ŕ semplicissima... Sta tutta nell'attivitÓ proofreading... Prova ad immaginare per assurdo una Polimerasi che catalizzi una reazione in cui il 3'OH del nucleotide entrante vada ad attaccare il 5'PPP della catena in crescita. Tutto bene... Si libera anche in questo caso Pirofosfato, che fa spostare molto in negativo in DeltaG' di reazione, duqnue c'Ŕ a disposizione l'energia necessaria per la prosecuzione della reazione. Ma se per caso fosse inserito un nucleotide errato, allora sarebbero guai... La polimerizzazione non pu˛ continuare in quanto il 3'OH del nucleotide entrante non sarebbe in grado di attaccare l'estremitÓ 5'P ( e non pi¨ 5'PPP!!!!) formatasi in seguito al proofreading. Non sarebbe prodotto pirofosfato, che non sarebbe scisso in 2 fosfati, e dunque mancherebbe k'energia necessaria per la prosecuzione della polimerizzazione... Spero di essere stato chiaro... CIAO!
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0barra1
Utente Senior

Monkey's facepalm

CittÓ: Paris, VIIŔme arrondissement


3847 Messaggi

Inserito il - 28 giugno 2012 : 18:59:45  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di 0barra1 Invia a 0barra1 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ecco, questo Ŕ cio' che lessi nell'Alberts anni fa...

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Gr÷n
Utente Junior



220 Messaggi

Inserito il - 28 giugno 2012 : 19:05:19  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Gr÷n Invia a Gr÷n un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Uh, in effetti il ragionamento fila che Ŕ una meraviglia!

Quindi il meccanismo-fake illustrato da Lopez, in linea teorica, sarebbe stato "selezionato negativamente"?
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0barra1
Utente Senior

Monkey's facepalm

CittÓ: Paris, VIIŔme arrondissement


3847 Messaggi

Inserito il - 28 giugno 2012 : 19:23:43  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di 0barra1 Invia a 0barra1 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Mi stavo giusto chiedendo cosa fosse successo durante l'evoluzione...
Le prime DNA pol avevano attivitiÓ di proofreading? Questa spiegazione lascerebbe supporre di si...

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