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Tag   GWAS    SNP  Aggiungi Tag

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ru
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14 Messaggi

Inserito il - 04 dicembre 2017 : 15:19:27  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ru Invia a ru un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Salve a tutti,

mi sto avvicinando da poco all'analisi dei database GWAS e... o mio dio... sto andando al manicomio.
C'e' qualcuno che sa come aiutarmi?
In teoria dovrei analizzare se ci sono SNPs (o SNPs in geni riconducibili ad un pathway) associati all'alcolismo.
Partendo dal presupposto che ho iniziato da poco a leggere a riguardo, sono andato su ensembl biomart e ho ricercato in base al fenotipo (alcolismo) ed ho ottenuto una lunga lista di SNPs con allegate informazioni come la p value, posizione, frequenza ecc...
Ora la mia domanda e'...cosa ci faccio con questa lista? come posso analizzare se ci sono snps piu o meno associati? come fare un analisi del pathway?
Inoltre leggendo paper su GWAS ho capito che queste analisi sono basate su Casi/Controlli, ma come capisco dalla lista chi e' il caso e chi il controllo?

Accetto qualsiasi tipo di aiuto!!!
Grazie 1000

Rob

GabrieleOrasen
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1 Messaggi

Inserito il - 25 febbraio 2019 : 18:58:02  Mostra Profilo Invia a GabrieleOrasen un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da ru

Salve a tutti,

mi sto avvicinando da poco all'analisi dei database GWAS e... o mio dio... sto andando al manicomio.
C'e' qualcuno che sa come aiutarmi?
In teoria dovrei analizzare se ci sono SNPs (o SNPs in geni riconducibili ad un pathway) associati all'alcolismo.
Partendo dal presupposto che ho iniziato da poco a leggere a riguardo, sono andato su ensembl biomart e ho ricercato in base al fenotipo (alcolismo) ed ho ottenuto una lunga lista di SNPs con allegate informazioni come la p value, posizione, frequenza ecc...
Ora la mia domanda e'...cosa ci faccio con questa lista? come posso analizzare se ci sono snps piu o meno associati? come fare un analisi del pathway?
Inoltre leggendo paper su GWAS ho capito che queste analisi sono basate su Casi/Controlli, ma come capisco dalla lista chi e' il caso e chi il controllo?

Accetto qualsiasi tipo di aiuto!!!
Grazie 1000

Rob

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