Nuovo software per analisi filogenetiche più accurate

Utilizza un nuovo metodo per analizzare le microinversioni cioè cortissime stringhe di nucleotidi invertiti

Grazie ad un nuovo metodo, messo a punto dai ricercatori dell’Università della California a San Diego e della Brown University e illustrato sull’ultimo numero dei Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS), sarà possibile ricostruire i processi evolutivi, determinare rapporti fra le specie e tracciare gli alberi filogenetici con un’accuratezza mai ottenuta finora grazie a un nuovo metodo per identificare le cosiddette microinversioni (cioè stringhe cortissime di nucleotidi invertiti).
Le microinversioni – lunghe in genere decine o centinaia di coppie di basi – possono essere rilevate solamente se si conosce l'esatta sequenza di nucleotidi della stessa regione del genoma per tutte le specie prese in considerazione.

Recentemente molti studi hanno indicato le microinversioni come una fonte importante di variabilità genetica mai caratterizzata in precedenza.
I ricercatori per ottenere i loro risultati hanno sviluppato un apposito sistema software open source, InvChecker, con il quale hanno studiato, in dettaglio, le differenze specifiche fra la regione CFTR, sul cromosoma 7, dell’uomo e dello scimpanzè. Così facendo hanno scoperto che l’80% delle microinversioni che di recente sembravano essere state identificate non sono in realtà microinversioni reali ma artefatti dei metodi usati.
Al contrario sono state individuate altre 187 microinversioni che erano invece sfuggite alle ricerche precedenti.
"Le microinversioni acquistano sempre più importanza per la comprensione della diversità genetica fra e all’interno delle specie, man mano che diventano disponibili sequenze del genoma con risoluzione sempre più fine" spiega Mark Chaisson, un autore dell’articolo.
Pavel Pevzner, che ha diretto lo studio ha puntualizzato: "Sono state individuate microinversioni nello 0,1% dei genomi di mammiferi, ed è possibile confermare gran parte delle idee oggi accettate sulla storia dell’evoluzione, ma quando avremo esteso le analisi all’ 1% dei genomi in esame, saremo in grado di chiarire la separazione di quelle specie che hanno suscitato controversie nell’ambito della biologia molecolare.”

Redazione (29/12/2006)
Pubblicato in Genetica, Biologia Molecolare e Microbiologia
Tag: filogenesi, inversioni, software, filogenetica

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