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federicaR
Nuovo Arrivato



4 Messaggi

Inserito il - 12 giugno 2017 : 15:08:52  Mostra Profilo Invia a federicaR un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Salve a tutti,
so già che questo topic è molto gettonato. Tuttavia il mio quesito è leggermente diverso. Cioè, io analizzo la mia espressione genica utilizzando il Dct ed il DDct. Ottengo quindi una serie di cicli del mio gene X, normalizzato con l'housekeeping.

Quando poi faccio l'istogramma: supponiamo che io abbia l'HK con un Dct 16 (media tra i replicati) e il Dct del mio X 13.

Significa che ne ho meno del mio gene X?

Grazie in anticipo

Caffey
Utente Attivo

ZEBOV

Città: Perugia


1496 Messaggi

Inserito il - 12 giugno 2017 : 20:03:20  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Caffey Invia a Caffey un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao. C'è qualcosa che mi sfugge... Il deltaCT del tuo HK è per definizione zero. Non ha senso. Parli per caso di CT?
In tal caso il tuo delta CT è negativo, certo, -3. Non significa che hai una quantità negativa ma che la quantità del tuo gene è maggiore rispetto a quella dell'HK che hai scelto.
Nessuno ti vieta di mettere questo valore in un grafico ma è più difficile da capire perché inverso (più basso è il valore, maggiore è la quantità di trascritto), logaritmico (3 cicli di differenza sono una quantità 8 volte maggiore) e talvolte anche negativo! Per tale ragione conviene "trasformare" il tutto in scala lineare esprimendo il valore come 2^-deltaCT (o in caso 2^-delta deltaCT, in base alle necessità).
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