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Alseide
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Inserito il - 07 dicembre 2008 : 21:09:03  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Alseide Invia a Alseide un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
CIAO RAGAZZI VORREI AVERE DELLA DRITTE PER COME SI PROGETTANO DEI PRIMER..NON INTENDO A LIVELLO TEORICO MA PRATICO..AD ESEMPIO DEVO DISEGNARE DEI PRIMER PER UNA SEQUENZA AAATGGGCAA: COME FACCIO? QUANTI NE POSSO COSTRUIRE? GRAZIE MILLE PER IL VOSTRO AIUTO! CIAO

chick80
Moderatore

DNA

Cittā: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 07 dicembre 2008 : 21:21:34  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
DEVO DISEGNARE DEI PRIMER PER UNA SEQUENZA AAATGGGCAA


Sequenza troppo corta per disegnarci dei primers!

Dai un occhio qui: http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=1655


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Alseide
Nuovo Arrivato



9 Messaggi

Inserito il - 08 dicembre 2008 : 11:32:48  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Alseide Invia a Alseide un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
lo so che č troppo corta...č solo un esempio..vorrei sapere,ammettendo che questa č LA SEQUENZA SU CUI VADO A DISEGNARE I miei primer,qaunti ne posso disegnare e come si disegnano non usando dei programmi on line ma a mano!GRAZIE!
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chick80
Moderatore

DNA

Cittā: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 08 dicembre 2008 : 13:55:46  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
ammettendo che questa č LA SEQUENZA SU CUI VADO A DISEGNARE I miei primer,qaunti ne posso disegnare


Ribadisco, non ha senso disegnare dei primers su quella sequenza, perchč un singolo primer č in media di 15-20 basi.
Dai un occhio qui per la teoria: http://www.mcb.uct.ac.za/pcroptim.htm

Conta che comunque disegnare i primers a mano non č molto utile in quanto probabilmente ti porterebbe a primers poco efficienti. Inoltre alcune cose non possono essere fatte a mano (es. il controllo che i tuoi primers non vadano su altre sequenze), servono necessariamente dei software. E visto che ci sono, perchč non usarli?


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Laracroftit
Nuovo Arrivato

arabidopsis

Cittā: Sassari


37 Messaggi

Inserito il - 09 dicembre 2008 : 18:32:49  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Laracroftit  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di Laracroftit Invia a Laracroftit un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao!
ma per quanto riguarda il disegno di primers per RT-PCR la prassi č la stessa?
Devo disegnarli entro questa settimana e non so da che parte cominciare....
Grazie!

"I want to know God's thoughts...
...the rest are details."
(Albert Einstein)
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chick80
Moderatore

DNA

Cittā: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 09 dicembre 2008 : 18:34:21  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Prima di iniziare lunghe spiegazioni... con RT intendi realtime? (E' meglio indicarla con Q-PCR, RT-PCR indica retrotrascrizione+PCR).


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GFPina
Moderatore

GFPina

Cittā: Milano


8408 Messaggi

Inserito il - 09 dicembre 2008 : 19:07:06  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Comunque in entrambi i casi (real-time o retrotrascrizione) se cerchi nel forum ci sono delle discussioni al riguardo!

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Alseide
Nuovo Arrivato



9 Messaggi

Inserito il - 10 dicembre 2008 : 22:44:17  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Alseide Invia a Alseide un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
grazie per le vostre spiegazioni,ho trovato tante notizie utili!! a presto
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Laracroftit
Nuovo Arrivato

arabidopsis

Cittā: Sassari


37 Messaggi

Inserito il - 11 dicembre 2008 : 15:29:06  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Laracroftit  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di Laracroftit Invia a Laracroftit un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Intendevo retrotrascrizione+PCR (RT-PCR semiquantitativa)..
scusate, in effetti nn era chiaro..

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(Albert Einstein)
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chick80
Moderatore

DNA

Cittā: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 11 dicembre 2008 : 15:58:00  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Allora č esattamente lo stesso procedimento. Una volta fatta la RT hai del DNA, quindi č come una PCR normale.

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