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biolala
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Prov.: Pisa
Città: Pisa


16 Messaggi

Inserito il - 11 giugno 2009 : 10:58:51  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di biolala  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di biolala Invia a biolala un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao a tutti, vorrei sottoporvi questo quesito!
Io ho fatto 4 qPCR (SyBR Green) sia per il gene housekeeping (18S) che per il gene di mio interesse.
Per ogni qPCR c'erano 3 campioni (controllo, trattato e non trattato) in doppio. Naturalmente per ogni qPCR partivo da cDNA "nuovi" (mi spiego meglio: per arrivare ad avere cDNA partivo da pellet, per estrarre l'RNA e così via, diversi, fatti in giorni diversi!!!)
Volevo sapere se i risultati ottenuti (Cp e efficienza di amplificazione) si possono accoppiare o so può fare solo il test t.

Spero che il discorso sia chiaro e spero in un vostro aiuto (anche eventualmente segnalazioni di articoli)
Grazie

Buon lavoro e buona giornata
biolala

biolala

GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8408 Messaggi

Inserito il - 11 giugno 2009 : 18:01:13  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao,
scusa ma non mi è chiarissimo quello che hai fatto.
Provo a riassumere per vedere se ho capito giusto, tu hai 3 tipi di campioni (controllo, trattato e non trattato) e hai ripetuto l'esperimento 4 volte in giorni diversi quindi avrai:

 contr. giorno 1      contr. giorno 2      contr. giorno 3     contr. giorno 4
 tratt. giorno 1      tratt. giorno 2      tratt. giorno 3     tratt. giorno 4 
non tr. giorno 1     non tr. giorno 2     non tr. giorno 3    non tr. giorno 4


giusto?

Poi su questi campioni hai fatto la real time per HK (18S) e GOI (gene di interesse) utilizzando ogni campione in doppio.
e hai fatto 4 real-time diverse in giorni diversi? (mi pare di aver capito di si)
Inoltre cosa intendi per Cp??? Volevi dire Ct?

Di articoli non ne ho qua al momento... dovrei cercare.

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biolala
Nuovo Arrivato


Prov.: Pisa
Città: Pisa


16 Messaggi

Inserito il - 16 giugno 2009 : 10:01:40  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di biolala  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di biolala Invia a biolala un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao GFPina...
cerco di spiegarmi meglio!
Le 4 real-time sono state fatte tutte alle stesse condizioni sia per HK che GOI...
Il fatto è che il materiale di partenza è lo "stesso": stesse cellule, da cui ho i pellet, solo che sono stati fatti in giorni diversi!
Per Cp intendevo Ct...scusami!

Non so se ho chiarito le idee...sorry!

grazie per l'aiuto

P.S.: con l'occasione porgo un'altra domanda: come barre di errore in un grafico di real time (calcolato col metodo Pfaffl) posso mettere solo la deviazione standard??? Alcuni miei collegghi mettono l'errore standard, calcolato come stimatore della deviazione!!!
Io invece ho calcolato la DS sia dei Ct che delle efficienze di amplificazioni, ho fatto i calcoli con queste DS così mi trovo l'intervallo + o - DS e poi da lì mi trovo la DS da mettere nel grafico.
è giusto???

Sono troppo confusionaria forse...

grazie

biolala
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