Disegnare primers su allineamento di sequenze

Forum

Registrati Discussioni Recenti Preferiti Utenti Cerca Regolamento RSS Statistiche

Utilità

I libri
consigliati:

Biochimica (3 vol.)
Thomas M. Devlin

Il gene VI
Benjamin Lewin

Chimere, cloni e geni
Nicole Le Douarin

Altri Libri

Nome Utente:	Password:
Riconoscimi automaticamente

Tutti i Forum

Laboratorio

Bioinformatica e Biostatistica

Disegnare primers su allineamento di sequenze

Nuova Discussione

Nuovo Sondaggio

Rispondi

Aggiungi ai Preferiti

Cerca nelle discussioni

Risorse di Bioinformatica:

Guide tools online

Blog InsideBioinfo

Siti di Bioinformatica

Protocolli

Ultime notizie

Aggiungi i tag

Quanto � utile/interessante questa discussione:

Autore

Discussione

Ricciola
Nuovo Arrivato

38 Messaggi

Inserito il - 28 aprile 2010 : 09:34:09

Ciao!
che voi sappiate esiste un programma per disegnare primers non su una sequenza ma su un allineamento di sequenze?

grazie per l'aiuto
ciao e buon lavoro
Ricciola

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 28 aprile 2010 : 09:40:53

cio�? che cosa vuoi amplificare, esattamente?

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)

Ricciola
Nuovo Arrivato

38 Messaggi

Inserito il - 28 aprile 2010 : 10:34:01

devo disegnare dei primers interni ma non ad una sequenza, ma usando come input un allineamento di pi� sequenze esiste qualche programma che lo fa?

Vanilla Sky
Utente Junior

204 Messaggi

Inserito il - 28 aprile 2010 : 10:47:36

Ciao!!Guarda io uso eBioX perch� ho un mac, ma sono sicura che anche BioEdit (che gira sui Windows) abbia la stessa funzione.
Mi sono allineata le mie sequenze (come vedi sono una trentina) e nell'ultima riga in basso, evidenziato con un colore tendente al grigio, ti compare la sequenza risultante dall'allineamento, che puoi utilizzare come primer (ovviamente se c'� una buona omologia di sequenza come nel caso che ti ho riportato).

Immagine:

397,73�KB

Spero di esserti stata utile!

Ricciola
Nuovo Arrivato

38 Messaggi

Inserito il - 28 aprile 2010 : 11:04:58

grazie!
provo a rompermi un po' la testa con bioedit e poi se (e sicuramente li avr�) dei problemi torner� a rompere le scatole a te ;-)

grazie!
buona giornata
Ricciola

Ricciola
Nuovo Arrivato

38 Messaggi

Inserito il - 29 aprile 2010 : 14:46:12

ok � andata con Bioedit :-)

� possibile farsi anche calcolare automaticamente la % di divergenza nucleotidica sulle sequenze allineate prese a due a due?

buona giornata
Paola

Vanilla Sky
Utente Junior

204 Messaggi

Inserito il - 30 aprile 2010 : 19:25:34

Ciao!!Dunque per calcolare la % di similarit� tra due sequenze uso sempre "Needleman-Wunsch Global Sequence Alignment Tool" che puoi trovare qui:

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&PROG_DEF=blastn&BLAST_PROG_DEF=blastn&SHOW_DEFAULTS=on&BLAST_SPEC=GlobalAln&LINK_LOC=BlastHomeLink

Immetto le due sequenze che voglio comparare, clicco su "Align" e dopo qualche secondo o massimo un minuto, mi indirezzer� verso un'altra pagina dove al fondo troverai parametri come "Identities" e "Gaps".

Magari si potr� anche fare con BioEdit...ma sono un p� ignorante in materia!
Se ti pu� interessare ho trovato un manuale gratuito di BioEdit a questo indirizzo:
www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/BioDoc.pdf (dando una rapidissima occhiata ho notato che da pag 106 spiega i vari metodi di allineamento BLAST, ClustalW...)
Spero di esserti stata un p� d'aiuto!

Gst
Utente Junior

Prov.: Roma
Citt�: Ariccia

143 Messaggi

Inserito il - 02 maggio 2010 : 17:23:16

Scusate l'ignoranza -.-

ma dove posso reperire bioedit?

Ascoltami con gli occhi...

Vanilla Sky
Utente Junior

204 Messaggi

Inserito il - 02 maggio 2010 : 18:41:16

Ciao, lo puoi scaricare da qui:
http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html

Trovi altre informazioni qui:
http://www.zooplantlab.btbs.unimib.it/index.php/it/risorse-bioinformatiche/46-software-consigliati-da-zpl/71-bioedit

Citazione:
Bioedit � un editor di sequenze con molte funzioni utili per analisi di biologia molecolare (i.e. allineamento; ricerche BLAST; disegno di plasmidi; mappe di restrizione, visione di elettroferogrammi).

Il software � libero, al sito sottoindicato e lavora in ambiente PC.

Ricciola
Nuovo Arrivato

38 Messaggi

Inserito il - 03 maggio 2010 : 09:53:40

Grazie!!!!
mi sei di grande aiuto mi metto subito al lavoro per evolvermi bioinformaticamente ;-)

Buon inizio di settimana
Paola

Discussione

Quanto � utile/interessante questa discussione:

Nuova Discussione

Nuovo Sondaggio

Rispondi

Aggiungi ai Preferiti

Cerca nelle discussioni

Vai a:

MolecularLab.it

Android e Mobile



Scarica le app! Ora anche sul tuo smartphone!

Ciao Login - Iscriviti



Visitatori: 129

Novità
Link scientifici: divisi in categoria in una directory scientifica, link utili e d'approfondimento.