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AC
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45 Messaggi

Inserito il - 24 maggio 2019 : 13:45:58  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di AC Invia a AC un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao a tutti
ho provato a vedere nelle altre discussioni se trovavo le informazioni che mi servono ma non le ho trovate. ho alcune domande relative agli allineamenti di seq nucleotidiche.
1) dall'allinemaento ottengo questi dati di score, che cosa significano esattamente?

Sequences (1:2) Aligned. Score: 98.0794
Guide tree file created: [clustalw.dnd]

There are 1 groups
Start of Multiple Alignment

Aligning...
Group 1: Sequences: 2 Score:12843
Alignment Score 4977

2) per grosse sequenze che cosa si può usare per gli allineamenti? Clustal supporta dimensioni fino a 1Mb

3) esiste qualche libro ben fatto che spiega chiaramente queste cose?
grazie mille a tutti
ciao ciao

domi84
Moderatore

Smile3D

Città: Glasgow


1679 Messaggi

Inserito il - 28 maggio 2019 : 21:23:07  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando

Citazione:
3) esiste qualche libro ben fatto che spiega chiaramente queste cose?


Credo qualsiasi libro di bioinformatica

Citazione:
2) per grosse sequenze che cosa si può usare per gli allineamenti? Clustal supporta dimensioni fino a 1Mb


A questo punto credo dipenda molto da qual è il tuo intento...Ci sono diversi software che lo fanno (ma non li ho mai usati). Cerca su pubmed o google, trovi cose tipo:
https://www.nature.com/articles/srep10203

Citazione:

1) dall'allinemaento ottengo questi dati di score



Non so nello specifico di clusterW come sia calcolato, ma lo score è una valutazione della qualità dell'allineamento,
https://proteinstructures.com/Sequence/Sequence/sequence-alignment.html


Credo comunque clusterW sia un po' superato:
https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...
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