Commenti a: blast su DB – una nuova proposta (progetti utili o disutili?)

Di: tredinertok

tredinertok — Tue, 10 Jul 2007 04:24:52 +0000

Hello

Very interesting information! Thanks!

G’night

Di: dawe

dawe — Thu, 21 Jun 2007 13:35:56 +0000

Bah, migliorare BLAST e' gia' possibile. Anzi, e' gia' fatto: BLAT. I ragazzi dell'UCSC hanno creato questo BLAST Like Alignment Tool che, come si puo' leggere qui ha gli stessi scopi ma permette migliori performance. Sulla questione di interfaccia con un database, io sono un po' scettico. Mi spiego meglio: se parliamo di semplici allineamenti non e' che si guadagna qualcosa nel mettere in un database delle sequenze (raw), il vantaggio di un database si ha quando il programma (o i programmi) che lo utilizzano sono piu' strutturati e servono a gestire diversi tipi di informazioni. In secondo luogo, se proprio si volessero archiviare delle sequenze in un formato "relazionale", basterebbe SQLite. Un database relazionale come PostgreSQL (o MySQL o altri ancora) e' utile quando si ha necessita', tra le altre cose, di accessi in lettura/scrittura di molteplici utenti in un solo momento. Allineare sequenze e' una questione di lettura di un dato, il set di sequenze contro cui allineare, e confronto con sequenze query.

Di: Giovanni (gdm)

Giovanni (gdm) — Tue, 19 Jun 2007 10:01:55 +0000

Interessante,
quindi tu dici che questi tizi vorrebbero migliorare Blast, utilizzando un database invece che flat-files per immagazzinare le sequenze target?

Beh non e’ una brutta idea… alla fine, ci si potrebbe inventare un sistema per creare automaticamente un database, cosi’ come adesso funziona lo script formatdb (si chiama cosi’?)

E’ un processo in piu’ durante l’installazione pero’ se aumenta la velocita’ di esecuzione…non e’ male

Poi e’ vero che ci sono tanti progetti per migliorare Blast… una volta se non sbaglio, avevo sentito parlare di qualcosa al S.Raffaele di Milano.

ciao!

Di: Andrea

Andrea — Tue, 19 Jun 2007 07:26:10 +0000

Io direi che i due algoritmi euristici piÃ¹ importanti siano blast e fasta. Siccome calcolano diversamente la significativitÃ statistica, possono dare risultati un poco differenti ed entrambi validi.
Consiglierei a tutti di utilizzarli entrambi.

Mi spiace non poter discutere la questione legata a quel database, perchÃ¨ non ho confidenza con la programmazione e non ho compreso i vantaggi e i limiti di quell’applicazione.