Commenti a: gli strumenti indispensabili per il bioinformatico (poco) scaltro

Di: Paolo

Paolo — Tue, 09 Oct 2007 14:49:39 +0000

R non c’Ã© dubbio! Sia per la statistica in generale che per la bioinformatica in particolare. Devo precisare che rispetto alle decine di packages dedicati all’analisi dei microarray il panorama dedicato alla bioinformatica ‘piÃ¹ tradizionale’ Ã¨ molto piÃ¹ ristretto. In ogni caso Ã¨ molto facile scrivere script a dock che si interfacciano con qualsiasi software esterno (soprattutto sotto Linux).

Aggiungo inoltre un altro software che mi Ã¨ risulato molto utile di recente: Zotero. Ãˆ un ‘citation manager’ (alla endnote) Open Source in continuo sviluppo fondamentale nella raccolta/organizzazione di references da inserire negli articoli destinati alle riviste scientifiche e non solo.

Di: fuliggians

fuliggians — Fri, 05 Oct 2007 10:27:04 +0000

AH! il Moe! Ricordi rimossi del master in bioinformatica!
Mi ricordo che in bicocca giÃ allora pensavano di smettere di rinnovare la licenza per il prezzo assurdo!
PerÃ² Ã¨ vero che non era malaccio da usare. Abbastanza adattabile alle varie necessitÃ .
E pensare che bastava copiare il file della licenza su un’altro pc per farlo funzionar anche altrove!

Di: nico

nico — Fri, 05 Oct 2007 01:19:32 +0000

Come giustamente dici Ã¨ difficile caratterizzare cosa sia bioinformatica. Personalmente mi occupo principalmente di calcium imaging. Forse le tecniche di imaging sono piÃ¹ nell’ambito “bio” che in quello “informatica”, ma sono comunque pesantemente dipendenti da tool informatici per l’acquisizione delle immagini e per la loro successiva analisi.
In questo ambito (soprattutto per l’acquisizione) Windows Ã¨ sicuramente l’OS piÃ¹ usato. Questo IMHO Ã¨ principalmente dovuto al fatto che spesso vengono usati software proprietari fatti apposta per il tale microscopio etc etc. Questo ovviamente Ã¨ tanto piÃ¹ vero quanto piÃ¹ sofisticato Ã¨ l’apparato (che solitamente implica il fatto che sia controllato in remoto via software…).

Per l’analisi dei dati post acquisizione in realtÃ si ritorna a Linux. Molti usano ImageJ (cross-platform), noi abbiamo un software sviluppato da noi, che facciamo andare sotto Linux, ma Ã¨ sviluppato con Qt per essere (potenzialmente) cross-platform.

Di: Riccardo Fallini

Riccardo Fallini — Wed, 03 Oct 2007 15:06:51 +0000

Io ultimamente mi sono dedicato alla modellistica molecolare ed al docking.
Il principale programma utilizzato, oltre ad uno proprietario realizzato dalla compagnia presso cui lavoro, Ã¨ MOE: seppur non particolarmente efficiente e preciso nei processi, risulta essere molto intuitivo nell’utilizzo.
Permette di avere visualizzazioni molto belle, veloci e precise di strutture molecolari (DNA, proteine) ed anche una serie di strumenti utili per gestire librerie di conformeri, generare strutture minimizzate, in sostanza fare meccanica molecolare.
Il contro Ã¨ sicuramente il costo.. talmente elevato da poter essere usato solo in universitÃ o in grandi aziende bioinformatiche, e poi anche i diversi buggettini presenti nel software che a volte creano pasticci nella gestione delle librerie e meccaniche poco precise.

In precedenza utilizzavo strumenti rivolti invece all’analisi delle sequenze: oltre a script perl, facevo largo uso di Browser genomici Blast, ClustalW..

Tutto naturalmente dalla shell di Linux.