Commenti a: Splicing

Di: Neuroscience

Neuroscience — Mon, 14 Jan 2008 19:00:35 +0000

Il principio che conosco sullo splicing è quello descritto da Gioby. Effettivamente non può accadere che uno splicing acceptor sia “saltato”, e questo non dipende dalla sequenza o dalla distanza, poiché sostituendo buona parte dell’introne con un materiale inerte ed inorganico lo splicing segue come se niente fosse ed in maniera corretta. Ciò dimostra che sono gli esoni o le basi immediatamente vicine agli splicing acceptors a decidere il destino dell’mRNA.

Lo splicing alternativo invece segue una strada diversa, ovvero le proteine che guidano lo splicing, che sono definite con la lettera U (es U1, U5, U8), possono dare uno splicing “normale” per tutte le cellule, mentre per neuroni o particolari tipi cellulari possono funzionare in maniera diversa per la presenza di proteine U accessorie. Per intenderci alcune di queste proteine che comporranno lo spliceosoma potrebbero impedire l’unione dell’esone 3 con il 4 per una determinata sequenza che è riconosciuta da un fattore U specifico per una determinazione popolazione cellulare. Il riconoscimento di questo fattore potrebbe generare un salto dello splicing, oppure uno splicing “diverso dal solito”. Ovviamente questi fattori U “speciali” si trovano soprattutto nelle cellule neuronali e per qualcuno di questi è stato dimostrato anche l’inducibilità in risposta ad un danno ossidativo (Credo radicali liberi o ROS). L’espressione indotta di questo fattore U, ovviamente determina una variazione dello splicing di una serie di geni ad esso correlato.

Di: gioby

gioby — Sun, 13 Jan 2008 14:27:11 +0000

Bene, io vengo da un anno di immersione nel mondo dello splicing!!

Come dici nell’articolo lo splicing é presente anche nel sistema nervoso: anzi, le cellule nervose sono quelle che generalmente mostrano il maggior numero di isoforme di splicing, che servono per creare diversità di recettori, segnali, e per il differenziamento.

@Patrizio: in genere gli esoni vengono montati nell’ordine in cui sono presenti sul DNA genomico, ovvero non é possibile che l’esone 1 venga montato dopo il 2 e prima del 3, ‘mischiando’ le posizioni. Almeno, non ho mai sentito parlare di una cosa del genere.
Però alcuni esoni possono essere ‘saltati’; oppure, i confini di un esone possono letti in maniera diversa, dando luogo ad un esone più o meno corto e un nuovo sito di splicing; oppure può essere ritenuto un introne.
I segnali che regolano queste scelte sono difficili da studiare ed in generale poco conservati e corti; però, il principio é che la cellula può produrre due isoforme diverse della stessa proteina a partire dalla stessa sequenza genomica, risparmiando ‘spazio’ sul genoma e dando luogo ad una varietà tra tessuti e momenti dello sviluppo.

Di: nico

nico — Sun, 13 Jan 2008 10:17:08 +0000

@Neuroscience: concordo con te, è un fenomeno molto molto interessante. Purtroppo (o per fortuna) c’è così tanta di quella letteratura a proposito di queste cose che è difficile starci dietro!

@patrizio: le proteine sono sempre le stesse ma “leggono” diverse sequenze sul mRNA precursore che le indirizzano a tagliare un tratto piuttosto che un altro. Non ti so però dare dettagli molto precisi perchè -come dicevo nel post- non ne so moltissimo di splicing

Di: Patrizio

Patrizio — Sun, 13 Jan 2008 08:57:24 +0000

Io quello che non capisco e’ questo,dove sta scritto che gli esoni devono montare con quel preciso ordine?,cioe’ le proteine coinvolte nello splicing sono quelle,ma perche’ l esone uno deve montare il 2 o perche’ il 3,comunque leggero’ l articolo per vedere cosa dicono riguardo la modulazione dello splicing da parte dello stesso NMDA ( sembra che sia un effetto che porta tempo )

Di: Neuroscience

Neuroscience — Fri, 11 Jan 2008 19:05:14 +0000

Questo è effettivamente un articolo molto interessante, dato che il gene di cui mi occupo ha proprio uno splicing alternativo il cui ruolo non è del tutto chiaro.
Interessante soprattutto perché circa il 50% di tutti i geni espressi nel Sistema Nervoso Centrale ha uno splicing alternativo che lo distingue dalla stessa proteina presente in altri tessuti o in altre regioni del SNC anche se codificato dallo stesso gene.
Per cui ogni articolo che spiega il motivo di uno splicing alternativo, interessa di sicuro il campo delle neuroscienze, poiché ci avvicina a capire perché circa la metà dei geni espressi nel SNC hanno isoforme diverse.

Complimenti