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kehas
Nuovo Arrivato

1 Messaggi

Inserito il - 06 ottobre 2012 : 10:23:07

salve sono un nuovo iscritto volevo sapere che tipo di programma posso utilizzare per vedere come varia la struttura proteica con la sequenza aa. Ho provato vari programmi tipo Rasmol, Autodock

ma nessuno mi permette di inserire la sequenza ed ottenere la proteina ipotizzata. Sto muovendo i primi passi perch� vorrei poi passare dalla proteina al docking con ligandi e capire quale e come si lega, magari ottenendo forza di legame e magari capire perch�!!! Troppe domande scusatemi

Grazie a tutti

kORdA
Utente Attivo

Prov.: Milano
Citt�: Monza

1303 Messaggi

Inserito il - 06 ottobre 2012 : 13:47:19

Capisco che stai muovendo i tuoi primi passi, ma credo che dovrai disilluderti perch� i propositi (almeno per come li ho intesi io) mi sembrano molto azzardati. Comunque...

- In primo luogo devi disporre di una struttura cristallografica di riferimento, quindi devi cercare la tua proteina (o almeno una sua omologa) sul Protein Data Bank. Se devi fare docking assicurati di trovare una struttura nella forma holo

- Passiamo alla mutagenesi, se devi usare sequenze in cui sono state introdotte mutazioni puntiformi puoi fare mutagenesi in silico attraverso una ricerca di rotameri conformazonali. Se la porzione di sequenza da sostituire � pi� estesa, pu� andarti ancora di fortuna se si tratta di un loop di max 5-6aa lontano dal sito di binding. Se non ricadi nemmeno in questo secondo caso potresti ricorrere a modelli di omologia ma purtroppo credo che ti dovrai fermare qui. Mi dispiace, ma credo sia impossibile poter usare un modello per fare docking.

- A questo punto procedi con il docking. Qui la scelta del software dipende dal tipo di docking: si tratta di una interazione proteina-proteina o devi docckare uno small ligand? Ricorda comunque che i programmi di docking forniscono delle stime di energia di binding piuttosto imprecise, di conseguenza se si tratta di una tesi o ci devi scrivere un articolo ti serviranno sicuramente delle validazioni sperimentali.

Spero di non averti distrutto eccessivamente ma... in bocca al lupo!

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada