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 Primo approccio allo studio della filogenesi
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0barra1
Utente Senior

Monkey's facepalm
Cittā: Paris, VIIčme arrondissement


3847 Messaggi

Inserito il - 13 febbraio 2012 : 13:39:49  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di 0barra1 Invia a 0barra1 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao,

0/1 si trova un filo(genetico ) inguaiato e richiede il vostro aiuto.
Il grande punto interrogativo che lo sovrasta č la nuova task affidatagli dal crudele supervisor: "Matteo ti occuperai dell'evoluzione molecolare della proteina blablabla in mammiferi, vertebrati in generale ed invertebrati"
Bene, il problema č che 0/1 sa ben poco di come vengano tracciati alberi filogenetici, di come si interpretino precisamente e di quali tool bioinformatici si possano invocare per compiere studi evolutivi.
Dunque ricorro al vostro aiuto: sapreste indicarmi una guida "for dummies" a questi argomenti (su cui si baserā una fetta di tesi )? Vanno bene review di pubmed, pdf scolastici, siti web, power point in inglese, francese, italiano, spagnolo. Gentilmente eviterei i testi cartacei in quanto dovrei attendere un po' per procurarmeli mentre il mio obiettivo č entrare nell'ottica ASAP.

Grazie

So, forget Jesus. The stars died so that you could be here today.
A Universe From Nothing, Lawrence Krauss

embolo
Nuovo Arrivato

0818_da_fakestudent86



87 Messaggi

Inserito il - 13 febbraio 2012 : 23:37:24  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di embolo Invia a embolo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Magari le conoscerai giā, perō..

le sequenze fasta puoi andare a prenderle su ncbi

per allineamenti tra sequenze ci sono tcoffee , clustalW , multialin

http://phylemon.bioinfo.cipf.es per costruire alberi evolutivi

nn č molto perō . . .


"Un giorno senza un sorriso č un giorno perso" . Charlie Chaplin

"Ci sono solo due modi di vivere la propria vita: uno come se niente fosse un miracolo; l'altro come se tutto fosse un miracolo". A.Einstein
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roberta.s
Utente Junior

yeast

Cittā: Parigi


564 Messaggi

Inserito il - 14 febbraio 2012 : 11:07:50  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di roberta.s Invia a roberta.s un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Sono ignorante in materia, nel senso che non mi occupo di filogenesi.
Pero' mi capita di dover confrontare proteine in organismi diversi, cercare ortologhi, paraloghi, omologhi, trovare correlazioni tra domini genici/proteici di piante e mammiferi, per esempio.

Forse puoi dare un'occhiata qui

http://expasy.org/phylogeny_evolution

e dirci cosa ti serve nello specifico, cosi' possiamo forse esserti di maggiore aiuto!
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0barra1
Utente Senior

Monkey's facepalm

Cittā: Paris, VIIčme arrondissement


3847 Messaggi

Inserito il - 14 febbraio 2012 : 13:51:18  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di 0barra1 Invia a 0barra1 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie ad embolo e roberta, una risposta č sempre ben gradita, indipendentemente da cio' che giā so.

Probabilmente hai ragione roberta, quando mi suggerisci di entrare nello specifico per riceve un aiuto pi`ų mirato, la veritā č pero' che non sapendone nulla di analisi filogenetiche ho la sensazione di brancolare nel buio sin dal principio, non focalizzando neppure le domande da fare. Per tale ragione volevo qualche guida for dummies, ma dai, intanto mi rimetto a leggere.

So, forget Jesus. The stars died so that you could be here today.
A Universe From Nothing, Lawrence Krauss

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Daria85
Utente

aplisia



678 Messaggi

Inserito il - 14 febbraio 2012 : 14:40:15  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Daria85 Invia a Daria85 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
sicuramente fasta, blast, expasy e geneBank ti possono aiutare per l'omologia e i cluster proteici.
googleando ho scoperto anke l esistenza di un database Pfam con circa 8mila famiglie proteiche!

good luck :)

qui un link utile

Allegato: Analisi filogenetica delle famiglie di proteine omologhe.pdf
516,03 KB
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Daria85
Utente

aplisia



678 Messaggi

Inserito il - 14 febbraio 2012 : 14:42:03  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Daria85 Invia a Daria85 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
scusa allegato nn link :P
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Daria85
Utente

aplisia



678 Messaggi

Inserito il - 14 febbraio 2012 : 14:44:56  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Daria85 Invia a Daria85 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
http://www.ebi.ac.uk/interpro/

ho trovato anke questo :)
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Daria85
Utente

aplisia



678 Messaggi

Inserito il - 14 febbraio 2012 : 14:46:24  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Daria85 Invia a Daria85 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
http://supfam.cs.bris.ac.uk/SUPERFAMILY/cgi-bin/genome_names.cgi

:)
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0barra1
Utente Senior

Monkey's facepalm

Cittā: Paris, VIIčme arrondissement


3847 Messaggi

Inserito il - 14 febbraio 2012 : 15:12:01  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di 0barra1 Invia a 0barra1 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie mille Daria, stasera mi metto a leggere ;)

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A Universe From Nothing, Lawrence Krauss

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Daria85
Utente

aplisia



678 Messaggi

Inserito il - 14 febbraio 2012 : 15:18:52  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Daria85 Invia a Daria85 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
de nada :)
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